Τον Μάιο του 1894 το Δ.Σ. της Αρχαιολογικής Εταιρείας μετά από πρόταση του Δημητρίου Φίλιου αποφάσισε να διενεργηθούν ανασκαφές στην Θήρα και την Αμοργό και να τις αναθέσει σρον Έφορο Αρχαιοτήτων Χρήστο Τσούντα. Τη διενέργεια των ανασκαφών αυτών το Συμβούλιο θεώρησε, καθώς φαίνεται, αρκετά επείγουσα αλλά επειδή ο Τσούντας υπηρετούσε στους Δελφούς αντικαταστάθηκε προσωρινά από τον Κωνσταντίνο Κουρουνιώτη, ώστε να μπορέσει να μεταβεί στα νησιά.

Στις 22 Αυγούστου 1894 ο Τσούντας αναχώρησε για την Αμοργό και σχεδόν αμέσως μετά την άφιξή του, με συνοδό τον ιερέα Δημήτριο Πράσινο άρχισε περιοδεία για να επισκεφθεί τις διάφορες περιοχές.

Με την πρώτη εκείνη επαφή σχημάτισε την εντύπωση ότι στην Αμοργό δεν συνηθίζονταν μεγάλα νεκροταφεία στην αρχαιότητα αλλά οι τάφοι ήταν συγκροτημένοι σε μικρές συστάδες ή και μεμονωμένοι. Είχε όμως κι αυτός την ίδια καή εμπειρία, όπως όλοι οι αρχαιολόγοι των χρόνων εκείνων, ότι η επιστήμη έφθανε μετά από την αρχαιοκαπηλία. Στη θέση Κάπρος, σ' έναν αγρό που ανήκε στο μοναστήρι της Παναγίας Χοζοβιώτισσας, οι τάφοι ήταν συλημένοι. Πριν από τον Τσούντα είχε σκάψει εκεί ο γνωστός Αθηναίος αρχαιοπώλης και αρχαιοκάπηλος Ιωάννης Παλαιολόγος. Και δεν ήταν μόνο αυτός. Σε μια επιστολή προς τον Αθανάσιο Κουμανούδη (επιμελητής Μουσείων της Αρχαιολογικής Εταιρείας) ο Τσούντας αναφέρει ότι οι διάφοροι ντόπιοι τυμβωρύχοι είχαν συλήσει τα δύο μεγαλύτερα νεκροταφεία. Ίσως εννοεί τα νεκροταφεία στον Κάπρο και τα Δωκαθίσματα. Το τρίτο σημαντικό νεκροταφείο της Αμοργού, τα Κάψαλα, ήταν μικρότερο.

Τελικά ο Παλαιολόγος δεν διέφυγε εντελώς, γιατί ο αστυνόμος της Αμοργού του έκανε κατάσχεση στα αρχαία που προσπάθησε να πάρει μαζί του αναχωρώντας από το νησί.

Ο Τσούντας εργάσθηκε στην Αμοργό μόνο 26 μέρες και η προσοχή του ήταν στραμμένη στην ανακάλυψη και μελέτη της προϊστορικής εποχής, γιατί αυτός ήταν και ο σκοπός της αποστολής του. Ο χρόνος της ανασκαφής δεν ήταν πολύς και επομένως, κατά τη γνώμη του, αναλόγως τα ευρήματα δεν ήταν τόσο πολλά. Στη σύντομη αλλά περιεκτική έκθεσή του προς το Συμβούλιο της Αρχαιολογικής Εταιρείας τονίζει ακριβώς αυτό: ότι δεν έχει σημασία ο αριθμός των ευρημάτων αλλά  το γεγονός ότι οι ανασκαφές που πραγματοποίησε αποτελούν την αρχή για μια γενικότερη εξερεύνηση των νησιών και του πανάρχαιου πολιτισμού τους, και αυτή είναι η αξία τους.

Τα ευρήματα μεταφέρθηκαν όλα στο Εθνικό Μουσείο, στην έκθεσή του δίνει γι' αυτά μια λιτή αλλά πυκνή περιγραφή. Πρόκειται για μαρμάρινα ειδώλια, αγγεία, φιάλες πήλινες και λίθινες, λόγχες, λεπίδες, οψιανούς και άλλα μικρά χαλκά ή αργυρά αντικείμενα. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν τα ειδώλια από τα Δωκαθίσματα. Το νεκροταφείο αυτό έδωσε τ' όνομά του σε μια μεγάλη κατηγορία ειδωλίων της Πρωτοκυκλαδικής ΙΙ περιόδου, ίσως την πιο εκλεπτυσμένη. Ένα άλλο σημαντικό εύρημα από την ίδια θέση είναι το χάλκινο εγχειρίδιο που φέρει στον ώμο τέσσερις ήλους αργυρούς με τους οποίους στερεωνόταν στη λεπίδα η λαβή που ήταν από διαφορετικό υλικό, ξύλο ή κόκκαλο. Είναι ένα εγχειρίδιο "αργυρόηλο", γνωστό από τα ομηρικά έπη, το αρχαιότερο αυτού του τύπου.

Στην Αμοργό όμως ο Τσούντας προέβη και σε μια αγορά αρχαίων χωρίς να περιμένει την έγκριση του Συμβουλίου, γιατί η περίπτωση δεν επιδεχόταν καθυστέρηση και τα αντικείμενα ήταν εξαιρετικά σημαντικά, δύο νάλιστα από αυτά ήταν "πρωτοφανή" για την εποχή σύμφωνα με τον χαρακτηρισμό του: μια καρφίδα αργυρή της οποίας η κεφαλή ήταν μια ολόγλυφη κεφαλή κριού και ένα αργυρό διάδημα με οδοντωτό άκρο, το περίφημο διάδημα της Αμοργού της Πρωτοκυκλαδικής ΙΙ περιόδου, γνωστό από μεσοποταμιακά πρότυπα και πρόδρομο των διαδημάτων της Μυκηναϊκής εποχής.