Το ανάκτορο των Μαλίων βρίσκεται στην άκρη της ομώνυμης πεδιάδας, σε μικρή απόσταση από τη θάλασσα. Η θέση του διευκόλυνε τόσο την επαφή με την εύφορη ενδοχώρα, όσο και τις εμπορικές δραστηριότητες στη θάλασσα. Σε μικρή απόσταση από το μινωικό ανάκτορο βρίσκεται η νεκρόπολη του Χρυσόλακκου και το ιερό κορυφής του Προφήτη Ηλία.

Το ανακτορικό συγκρότημα περιστοιχιζόταν από σημαντικά κτήρια της πόλης των Μαλίων και φαίνεται ότι ακολούθησε μία παράλληλη ιστορική πορεία με τα υπόλοιπα μινωικά ανάκτορα. Για την κατασκευή του ανακτόρου χρησιμοποιήθηκαν ντόπια οικοδομικά υλικά, όπως η σιδηρόπετρα, ο ψαμμόλιθος και οι κροκαλοπαγείς λίθοι. Τα ανασκαφικά δεδομένα βεβαιώνουν την ύπαρξη δύο ορόφων. Η βόρεια είσοδος, από την πλευρά της θάλασσας ήταν η κυριότερη είσοδος του ανακτόρου. Κοντά σ' αυτήν βρίσκεται το λεγόμενο λοξό κτίριο, ένα δείγμα της μυκηναϊκής κυριαρχίας που γίνεται και εδώ αισθητή. Το κύριο σημείο αναφοράς του ανακτόρου ήταν πάλι η κεντρική αυλή, που είχε έναν κεντρικό βωμό και στοές στις δύο πλευρές της. Μικρότερες αυλές βρίσκονταν και στο βόρειο τμήμα του ανακτόρου, ενώ πιστεύεται ότι στη βόρεια πτέρυγα υπήρχαν εσωτερικοί κήποι. Στη δυτική πτέρυγα ήταν συγκεντρωμένα τα ιδιωτικά διαμερίσματα, τα διαμερίσματα για τις δημόσιες λειτουργίες και μια σειρά από λατρευτικούς χώρους. Η λότζια, μία υπερυψωμένη αίθουσα με πεσσό, που επικοινωνούσε άμεσα με την κεντρική αυλή, ερμηνεύεται ως αίθουσα του θρόνου κατά τα παράδειγμα της Κνωσού. Στην πίσω πλευρά αυτού του χώρου υπήρχε ένα θησαυροφυλάκιο.

Τα γειτονικά δωμάτια ήταν μάλλον εργαστήρια ελεφαντουργίας και μεταλλουργίας, ενώ πίσω από τα εργαστήρια βρισκόταν μια δεξαμενή καθαρμών. Νότια της λότζιας, μία σκάλα οδηγούσε ίσως στο Piano Nobile του επάνω ορόφου. Μία άλλη μεγάλη αίθουσα με υπόστυλη κρύπτη, χαρακτηρίζεται ως χώρος συναθροίσεων. Τα διαμερίσματα αυτά χωρίζονται από τις αποθήκες της δυτικής πτέρυγας με έναν μακρύ διάδρομο. Στο νότιο τμήμα της δυτικής πτέρυγας μία πολύ πλατιά σκάλα αποτελεί τη μικρογραφία ενός θεατρικού χώρου, όπου εντοπίστηκε και ένας σταθερός λίθινος κέρνος. Ένα αυτόνομο διαμέρισμα, νότια του θεατρικού χώρου, με θρανία και λατρευτικά αντικείμενα έχει χαρακτηριστεί ως ιερό.

Στη βόρεια πτέρυγα υπήρχαν επίσης δημόσιοι χώροι σημαντικοί για τη λειτουργία του ανακτόρου, όπως μία μεγάλη υπόστυλη αίθουσα με κίονες και ένα ιερό. Γύρω από τη βόρεια αυλή υπήρχαν αποθήκες, εργαστήρια και ένα ελαιοτριβείο. Την ανατολική πλευρά καταλάμβαναν αποθήκες με χαμηλά πεζούλια για την τοποθέτηση πιθαριών και αγωγούς αποχέτευσης. Στη νοτιοδυτική άκρη του ανακτόρου υπήρχαν δύο σειρές από κουλούρες που χρησίμευαν μάλλον ως σιταποθήκες. Στη νότια πτέρυγα βρίσκονταν κυρίως εργαστηριακοί χώροι.

Στους χώρους των ανακτόρων των Μαλίων βρέθηκαν μερικά από τα αριστουργήματα της μινωικής τέχνης. Ανάμεσα σε αυτά διακρίνονται δύο μικρά ξίφη με χρυσοποίκιλτες λαβές, ένας λίθινος τρίτων με ανάγλυφη παράσταση και τελετουργικά όπλα.

Αν και δεν έχει ακόμη πλήρως ερευνηθεί, ο χώρος των Μαλίων προσφέρει το καλύτερα σωζόμενο παράδειγμα μιας παλαιοανακτορικής πόλης. Ένα σημαντικό τμήμα της δεν ξανακατοικήθηκε μετά την καταστροφή γύρω στα 1700 πΧ, ενώ σε αρκετά σημεία λείψανα παλαιονακτορικών κτισμάτων εντοπίστηκαν κάτω από τα νεοανακτορικά ερείπια.

Είναι δύσκολο να γίνει αντιληπτό το αστικό οδικό δίκτυο, το οποίο θα πρέπει να υπήρχε ήδη από την ΜΜ εποχή. Γνωρίζουμε μικρά μόνο τμήματα δρόμων ή πλακόστρωτων χώρων με αποχετευτικούς αγωγούς, τα οποία στο εσωτερικό των ανασκαμμένων συνοικιών, είτε διαχώριζαν τα κτήρια, είτε ευκόλυναν την πρόσβαση σε αυτά, οι πλατείες ή αυλές φαίνεται ότι έπαιζαν ένα σημαντικό ρόλο στην οργάνωση του οικιστικού χώρου.

Σήμερα είναι καλύτερα γνωστό το κεντρικό τμήμα της πόλης, δυτικά του ανακτόρου, όπου βρέθηκαν κυρίως "μεγάλα συγκροτήματα", Υπόστυλη Κρήπτη, συνοικία Μ, Αποθήκες Dessenne. Η παρουσία τους, σε μικρή απόσταση από το ανάκτορο, θέτει το πρόβλημα της διοικητικής οργάνωσης της πόλης.

Στη συνοικία Μ, στο εσωτερικό δύο καλοδιατηρημένων κτηρίων μεγάλων διαστάσεων (το κτήριο Α έχει μέγεθος 800 τμ), βρέθηκαν αρχεία ιερογλυφικής κρητικής γραφής, ενώ γύρω τους υπήρχαν εργαστηριακές εγκαταστάσεις (σφραγιδογλύφου, κεραμοποιού, χυτευτή).

Ένα μεμονωμένο ιερό, ΜΜ ΙΙ φάσης, αποκαλύφθηκε στο μέσον της απόστασης από τη συνοικία Μ στο ανάκτορο. Νότια του αρχαιολογικού χώρου, στο μικρό ύψωμα του Προφήτη Ηλία, πρέπει να υπήρχε ένα ιερό κορυφής ΜΜ ΙΙ περιόδου.