Το νησί που σημάδεψε αποφασιστικά την εξέλιξη των πολιτισμών της Ύστερης Χαλκοκρατίας είναι η Θήρα, η οποία βρίσκεται επάνω σε ένα ηφαιστειακό κρατήρα. Μια κολοσσιαία ηφαιστειακή καταστροφή, που συνέβη στο τέλος της Υστεροκυκλαδικής Ι Α περιόδου, δημιούργησε έναν τεράστιο κρατήρα βυθίζοντας το κεντρικό τμήμα του νησιού στη θάλασσα και διαμορφώνοντας τα τρία σημερινά νησιά Θήρα, Θηρασία και Ασπρονήσι. Η Θήρα και ο καταποντισμός της συνδέεται από μερικούς ερευνητές με τη μυθική Ατλαντίδα που αναφέρει στην Πολιτεία ο Πλάτωνας.

Η χρονική στιγμή της έκρηξης τοποθετείται με την ισχύουσα χρονολόγηση γύρω στο 1500 πΧ. Νεότερες χρονολογήσεις όμως, βασισμένες σε αρχαιομετρικές έρευνες, τοποθετούν την έκρηξη περισσότερο από έναν αιώνα πριν, γύρω στο 1628 πΧ. Η εφαρμογή της νέας χρονολόγησης, η οποία δεν έχει γίνει αποδεκτή από όλους τους ερευνητές ανατρέπει τα ισχύοντα αρχαιολογικά δεδομένα και προπάντων τους συσχετισμούς του κυκλαδικού με τους υπόλοιπους πολιτισμούς της Ύστερης Χαλκοκρατίας.

Μετά την έκρηξη οι προϊστορικοί οικισμοί καλύφθηκαν από στρώματα ηφαιστειακής λάβας, ύψους μερικές φορές 60 περίπου μέτρων. Στη θέση Ακρωτήρι στο νότιο άκρο του νησιού οι ανασκαφές αποκάλυψαν κάτω από τα στρώματα της λάβας έναν εκτεταμένο οικισμό της Υστεροκυκλαδικής Ι περιόδου, ο οποίος καταστράφηκε από την έκρηξη. Τα όρια του οικισμού δεν έχουν εντοπιστεί ακόμη αλλά υπολογίζεται ότι η συνολική του έκταση έφθανε τα 200 εκτάρια.

Τα οικιστικά κατάλοιπα στο ανασκαμμένο τμήμα του οικισμού βρίσκονται σε άριστο βαθμό διατήρησης και έτσι μας δίνουν μια ασφαλή εικόνα της πολεοδομίας του οικισμού. Τα κτήρια - διώροφα ή και τριώροφα - ήταν κτισμένα σε οικοδομικές νησίδες, διέθεταν οργανωμένο αποχετευτικό δίκτυο και ανάμεσά τους υπήρχαν δρόμοι και πλατείες. Η άριστη κατασκευή και η πολυτέλεια των εγκαταστάσεων οδηγεί στο συμπέρασμα ότι εκεί ζούσαν πλούσιοι έμποροι ή τοπάρχες, ενώ ορισμένα κτήρια, λόγω των τελετουργικών εγκαταστάσεων, της διακόσμησης και των ειδικών ευρημάτων έχουν χαρακτηριστεί θρησκευτικά κέντρα. Ο αρχιτεκτονικός σχεδιασμός και η κατασκευή των κτιρίων ανταποκρίνονται με ακρίβεια στην εικόνα που έχουμε για τους μινωικούς οικισμούς, ενισχύοντας έτσι την άποψη ότι το Ακρωτήρι, αν δεν ήταν μια πόλη με μινωίτες αποίκους, βρισκόταν τουλάχιστον στην εγγύτερη σφαίρα της μινωικής επιρροής.

Η ζωή του οικισμού σταμάτησε απότομα λίγο πριν την έκρηξη, όταν οι κάτοικοι τον εγκατέλειψαν, ειδοποιημένοι προφανώς από ισχυρές σεισμικές δονήσεις. Φεύγοντας πήραν μαζί τους, όπως φαίνεται, μόνο τα απαραίτητα υπάρχοντά τους, έτσι μέσα στα κτήρια βρέθηκαν πολυάριθμα αντικείμενα (αγγεία, εργαλεία και έπιπλα) κατά κώρον. Ανάμεσα στα άλλα ευρήματα βρέθηκε και ένας σημαντικός αριθμός τοιχογραφιών εξαιρετικής ποιότητας, οι οποίες κοσμούσαν τους εσωτερικούς χώρους των κτιρίων. Οι τοιχογραφίες του Ακρωτηριού με τις γλαφυρές παραστάσεις τους αποκαλύπτουν πολλές πτυχές της καθημερινής ζωής, των κοινωνικών εθίμων και της λατρείας σε μια νησιωτική πόλη της Ύστερης Χαλκοκρατίας. Ο πλούτος των ευρημάτων και το γεγονός ότι αυτά ανήκουν σε μια συγκεκριμένη χρονική στιγμή πριν την ηφαιστειακή καταστροφή είναι οι λόγοι που το Ακρωτήρι θεωρείται η "Πομπηία του προϊστορικού Αιγαίου".