Με τη δύναμη και την εξαίρετη θέση της, στη διασταύρωση των κύριων οδικών αξόνων που διέτρεχαν την ελληνική χερσόνησο, η Θήβα επεδίωξε να επιβάλλει την εξουσία της στη Βοιωτία, δρώντας ως επικεφαλής του περίφημου Κοινού των Βοιωτών και μέσα στα πλαίσια των δικών της πολιτικών επιδιώξεων. Η τακτική αυτή την έφερε σύντομα αντιμέτωπη με άλλες βοιωτικές πόλεις (Πλαταιές, Θεσπιές, Ορχομενό) και κυρίως με την Αθήνα. Με τον Ορχομενό συγκρούστηκε ήδη από τις αρχές του 7ου αι. π.Χ. και αργότερα βοήθησε στην εκδίωξη των Θεσσαλών του Λατταμύα από τη Βοιωτία στην κρίσιμη μάχη του Κερησσού. Προς το τέλος μάλιστα του 6ου αι. π.Χ. Θηβαίοι και Αθηναίοι ήλθαν αντιμέτωποι δύο φορές στο πεδίο της μάχης. Η μάχη κοντά στον Εύριπο, το 560 π.Χ. ήταν μια διπλή νίκη της νεοπαγούς αθηναϊκής δημοκρατίας κατά των Βοιωτών, πρωτίστως των Θηβαίων, και κατά των Χαλκιδέων συμμάχων τους, που είχαν προσβάλλει τα νώτα της, όταν πάσχιζε να αποσείσει την τυραννία.

Η ανάμνηση της ήττας τους και η εχθρότητα προς την Αθήνα παρώθησαν τους Θηβαίους ολιγαρχικούς και άλλους Βοιωτούς σε σύμπραξη με τους Πέρσες, στις Πλαταιές. Την εποχή του Περικλή οι Αθηναίοι οργάνωσαν εισβολές στη Βοιωτία που κατέληξαν σε φονικές μάχες στα Οινόφυτα και στην Κορώνεια. Οι Θηβαίοι με τη σειρά τους κατέστρεψαν τις Πλαταιές στην αρχή του Πελοποννησιακού πολέμου, μετά τη νίκη στο Δήλιον (424 π.Χ), στις Θεσπιές, και αργότερα δύο φορές στον Ορχομενό (364 και 349 π.Χ). Προέτρεψαν μάλιστα, χωρίς επιτυχία, τον Λύσανδρο να αφανίσει την εξουθενωμένη Αθήνα το 404 π.Χ.

Αργότερα η αλλαγή ηγεσίας και πολιτικής οδήγησε τη Θήβα σε συμμαχία με τη δημοκρατική Αθήνα και σε σύγκρουση με τη Σπάρτη, στην Αλίαρτο και στην Κορώνεια (395/4 π.Χ.). Όμως, με την Ανταλκίδειο ειρήνη (386 π.Χ.), που επέβαλε η Σπάρτη με τη βοήθεια των Περσών, διαλύθηκε η Ομοσπονδία των Βοιωτών. Οι Λακεδαιμόνιοι κυρίευσαν τη Θήβα (382 π.Χ.) και εγκατέστησαν ολιγαρχική κυβέρνηση και φρουρά στην Καδμεία μέχρι το 379 π.Χ. Η Θήβα στη συνέχεια προσχώρησε στη Β' Αθηναϊκή Συμμαχία και, ισχυροποιημένη πλέον, ανασυγκρότησε το Βοιωτικό Κοινό, στο οποίο διέθετε τέσσερεις βοιωτάρχες. Μεταξύ τους ήταν και οι, περίφημοι κατόπιν στρατηγοί Πελοπίδας και Επαμεινώνδας. Η άνοδος της Θήβας ενόχλησε εχθρούς και φίλους, προκάλεσε την εισβολή του σπαρτιατικού στρατού στη Βοιωτία και την ήττα του στα Λεύκτρα (371 π.Χ.). Οι Σπαρτιάτες οπλίτες υποχώρησαν υπό την αφόρητη πίεση των μαχητών του Ιερού Λόχου, που εφάρμοσαν την τακτική της «λοξής φάλαγγας». Οι νικητές έστησαν τρόπαιο στο πεδίο της μάχης, του οποίου το μνημειώδες βάθρο σώζεται σήμερα αναστηλωμένο. Η θηβαϊκή ηγεμονία ανέτειλε στα Λεύκτρα, άφησε τη σφραγίδα της στην Πελοπόννησο, με την ίδρυση της Μεσσήνης και της Μεγάλης πόλεως, και έδυσε ομοίως εκεί, στην αρκαδική Μαντίνεια, μόλις εννέα χρόνια αργότερα, μαζί με το άστρο του μεγάλου ηγετη της Επαμεινώνδα.

Το 338 π.Χ. ο Φίλιππος Β' εκμηδένισε τους Θηβαίους μαχητές και τον Ιερό Λόχο στη Χαιρώνεια. Την επαύριο της μάχης υποκατέστησε την ελεύθερη πόλη - κράτος στην ελληνική πολιτική και στρατιωτικη σκηνή. Λίγα χρόνια μετά (335 π.Χ.) ο Μέγας Αλέξανδρος κατέλαβε και κατέστρεψε ολοσχερώς τη Θήβα, ύστερα από την παράλογη εξέγερση και την απελπισμένη αντίστασή της. Η ηγεμονική θέση της στη Βοιωτία και η μακρόχρονη παρουσία της στην ελληνική πολιτική σκηνή έσβησαν μετον πλέον δραματικό τρόπο. Αν και η πόλη και ο οχυρωματικός περίβολος ανακτίστηκαν από τον Κάσσανδρο (316/5 π.Χ.), με τη συνδρομή πολλών ελληνικών πόλεων και μερικών κυπριακών, ουδέποτε πλέον η Θήβα ανέκτησε το αρχαίο μεγαλείο της. Για μεγάλο χρονικό διάστημα η Καδμεία έμεινε υπό τον έλεγχο μακεδονικής φρουράς. Η πόλη αντιστάθηκε στον Δημήτριο τον Πολιορκητή (290 π.Χ.) που της απέδωσε τελικά την αυτονομία της (288 π.Χ.), ώστε να επανενταχθεί στο Κοινό των Βοιωτών. Στην υπεράσπιση του δελφικού ιερού από τους Γαλάτες οι Θηβαίοι είχαν ενεργό ρόλο και απεκόμισαν οφέλη από τη συμμαχία τους με τις σημαντικές δυνάμεις της εποχής. Όμως οι συχνοί πόλεμοι της ελληνιστικής εποχής, οι μάχες και οι λεηλασίες στο έδαφος της Βοιωτίας και τελικά η διάλυση του Κοινού της, μετά την εξέγερση του Περσέα και την καταστροφή της Αλιάρτου και άλλων πόλεων της Βοιωτίας από τους Ρωμαίους (171 π.Χ.), επέφεραν γενική οικονομική δυσπραγία και δημογραφική αραίωση στην περιοχή.

Το χρονικό διάστημα ανάμεσα στην τελευταία μυκηναϊκή και στην ώριμη Γεωμετρική περίοδο χαρακτηρίζεται από την απουσία γραπτών κειμένων. Έτσι η προσπάθεια ανασύνθεσης των ιστορικών και πολιτιστικών συμβάντων στηρίζεται κυρίως σε μεταγενέστερες παραδόσεις. Φαίνεται, όμως, ότι οι λατρείες σε μερικά πανάρχαια θηβαϊκά ιερά, όπως της Δήμητρας και Κόρης στις Ποτνιές, της Γαίας, του Διονύσου και των Θεσμοφόρων θεοτήτων στην Καδμεία, συνέχιζαν αντίστοιχες, μυκηναϊκές. Το ίδιο ίσως συνέβη, από τότε ή λίγο αργότερα και με τη λατρεία του Απόλλωνος Ισμηνίου, ενώ ο ίδιος θεός, μαζί με τον Πτώο, λατρευόταν και στο ομώνυμο όρος, κοντά στο Ακραίφνιο, έχοντας διαδεχθεί ιερά της εποχής του Χαλκού.

Η τέχνη και τα ταφικά έθιμα των πρώιμων ιστορικών περιόδων είναι γνωστά μόνο από την ανασκαφή τάφων. Φαίνεται πάντως ότι η Θήβα, από την ώριμη Γεωμετρική περίοδο και συγκεκριμένα από το β' μισό του 8ου αι. π.Χ. ήταν το κύριο καλλιτεχνικό κέντρο της Βοιωτίας και συνέχισε να κατέχει τα σκήπτρα στην οικονομία και την πολιτική της κατά τους επόμενους αιώνες. Στην τέχνη των εργαστηρίων της Θήβας διαπιστώνονται επιρροές από την Αττική, τις Κυκλάδες, την Πελοπόννησο και κυρίως από την Εύβοια.

Η διασπορά των αρχαιολογικών δεδομένων προϋποθέτει κατοίκηση σε μικρούς οικισμούς, που δεν φαίνεται να συνδέονταν μεταξύ τους και να ανήκαν σε μία ενιαία και ισχυρή πολιτική οντότητα. Μόνο μετά τη σταδιακή, οριστική εγκατάσταση των Βοιωτών στη θηβαϊκή περιοχή, σημειώθηκε αύξηση του πληθυσμού και ευημερία, όπως άλλωστε και σε ολόκληρη τη Βοιωτία. Όπως φαίνεται ο υπερπληθυσμός και η κατάτμηση των κλήρων προκάλεσαν, ήδη πριν τα μέσα του 7ου αι. π.Χ., κοινωνικά ζητήματα, γνωστά κυρίως από την ποίηση του Ησιόδου. Τη λύση οι Θηβαίοι ανέθεσαν στον μετακλητό Κορίνθιο νομοθέτη Φιλόλαο.

Κατά τον 6ο αι. π.Χ. η Θήβα είχε αναπτύξει στενές σχέσεις με όλες τις βοιωτικές πόλεις, πλην του Ορχομενού, καθώς και με τον Κλεισθένη της Σικυώνος, με τον Πεισίστρατο, με την Κόρινθο και την Αίγινα. Οι σχέσεις της αυτές αντικατοπτρίζονται σε επιδράσεις στην τέχνη, που κατά κύριο λόγο προέρχεται από τα μεγάλα ιερά και τα νεκροταφεία και λιγότερο από ανασκαφή οικισμών. Την εποχή αυτή στο όρος Πτώο άκμαζαν τα ιερά του Απόλλωνος και του ήρωα Πτώου, που ελεγχόταν όπως φαίνεται από τη Θήβα, ενώ στα δύο επίσης μεγάλα ιερά της Ιωνίας Αθηνάς στην Κορώνεια και του Ποσειδώνα στην Ογχηστό, σφυρηλατούνταν οι κοινοί θεσμοί και δεσμοί των Βοιωτών, δηλαδή οι κοινές λατρείες και εορτές, η φυλετική καταγωγή και η διάλεκτος. Για τους κοινούς αυτούς θεσμούς καθώς και για την κοινωνία και την οικονομία της αρχαϊκής Βοιωτίας υπάρχουν ήδη παράλληλα στην ποίηση του Ησιόδου, και κατόπιν στον Ηρόδοτο. Φαίνεται πάντως ότι κατά υόρκη 520 π.Χ., αν όχι προηγουμένως, και πάντως αμέσως μετά υη μάχη της Κερησσού και την εκδίωξη των Θεσσαλών η Θήβα είχε αναλάβει ηγετικό ρόλο στο νεοσύστατο Κοινό,ου περιέλαβε αρχικά όλες τις σημαντικές πόλεις της Βοιωτίας, πλήν του Ορχομενού και των Πλαταιών. Οι Θηβαίοι, κατά τον Ηρόδοτο, επεδίωξαν να εντάξουν στο Κοινό με τη βία και τις Πλαταιές. Οι Πλαταιείς τότε ζητησαν τη βοήθεια των Αθηναίων. Η διαιτησία των Κορινθίων δεν απέτρεψε την τελική αναμέτρηση, όπου οι Θηβαίοι νικήθηκαν και αποδέχθηκαν, ως όριο της χώρας τους με τις Πλαταιές Πλαταείς,τη βόρεια όχθη του Ασωπού.

Οι ανασκαφές στην ακρόπολη και την κάτω πόλη της Θήβας έχουν αποκαλύψει πολλά και σημαντικά κατάλοιπα δημόσιων και ιδιωτικών κτιρίων καθώς και τμήματα των οχυρώσεων και 7ου οδικού δικτύου της κλασικής και ελληνιστικής περιόδου.