Μόλις άρχισε το καλοκαίρι, οι Πελοποννήσιοι και οι σύμμαχοί τους, έκαναν εισβολή στην Αττική. Αρχηγός ήταν ο Αρχίδαμος του Ζευξιδάμου, βασιλιάς των Λακεδαιμονίων. Οργάνωσαν στρατόπεδο και άρχισαν να λεηλατούν την ύπαιθρο. Δεν ήσαν πολλές μέρες στην Αττική όταν, για πρώτη φορά παρουσιάστηκε στην Αθήνα ο λοιμός.

Πρώτα εμφανίστηκε στον Πειραιά και μετά απλώθηκε και στην απάνω πόλη, όπου άρχισαν να πεθαίνουν πάρα πολλοί.

Οι Πελοποννήσιοι, αφού ρήμαξαν το λεκανοπέδιο, προχώρησαν στην περιοχή που ονομαζόταν Πάραλος έως το Λαύριο, όπου οι Αθηναίοι είχαν τα μεταλλεία τους που έβγαζαν ασήμι. Πρώτα ρήμαξαν το μέρος που βλέπει προς την Πελοπόννησο και ύστερα το μέρος που βλέπει προς την Εύβοια και την Άνδρο. Ο Περικλης που ήταν και τότε στρατηγός, ήταν πάντα της ίδιας γνώμης, ότι δηλαδή οι Αθηναίοι δεν έπρεπε να κάνουν έξοδο και να δώσουν μάχη.

Ενώ οι Πελοποννήσιοι ήσαν ακόμα στα μεσόγεια, πριν προχωρήσουν στην παραλιακή περιοχή, ο Περικλής ετοίμασε 100 καράβια για να κάνει επιδρομές στην Πελοπόννησο, κι όταν όλα ήταν έτοιμα, ξεκίνησε με 4.000 Αθηναίους οπλίτες και 300 ιππείς. Τους είχε επιβιβάσει σε παλιά πολεμικά καράβια, που για πρώτη φορά, τα είχαν διαρρυθμίσει σε μεταγωγικά για ιππικό. Η εκστρατεία αυτή που πήραν μέρος Χίοι και Λέσβιοι με 50 καράβια, ξεκίνησε όταν οι Πελοποννήσιοι είχαν κιόλας φτάσει στην παράλια περιοχή. Οι Αθηναίοι έφτασαν στην Επίδαυρο και πήγαν να ρημάζουν την Τροιζηνία, την Αλικάδα και την Ερμιονίδα. Από εκεί έφυγαν και πήγαν στις Πρασιές, παραλιακή πόλη της Λακωνικής, κατέστρεψαν τη γη, κυρίευσαν την πόλη και την λεηλάτησαν. Μετά απ' αυτά γύρισαν στην Αθήνα. Οι Πελοποννήσιοι είχαν στο μεταξύ φύγει.

Όσο καιρό οι Πελοποννήσιοι ήσαν στην Αττική και οι Αθηναίοι στην εκστρατεία, η επιδημία εξακολουθούσε να θερίζει και μέσα στην πολιτεία και στο εκστρατευτικό σώμα. Διαδόθηκε, μάλιστα, ότι οι Πελοποννήσιοι φοβήθηκαν την επιδημία - το έμαθαν από αυτομόλους και από τις πολλές φωτιές όπου οι Αθηναίοι έκαιγαν τους νεκρούς - κ' έφυγαν γρήγορα από την Αττική. Στην εισβολή, όμως, εκείνη έμειναν στην Αττική περισσότερο από κάθε άλλη φορά και την κατέστρεψαν ολόκληρη. Έμειναν περισσότερο από 40 μέρες.

Μετά τη δεύτερη εισβολή των Πελοπονννησίων, οι Αθηναίοι, που έβλεπαν να καταστρέφεται για δεύτερη φορά η γη τους και πάθαιναν συμφορές από την επιδημία, άρχισαν να χάνουν το ηθικό τους. Κατηγορούσαν τον Περικλή ότι τους παρέσυρε στον πόλεμο και ότι εξαιτίας του πάθαιναν όλες αυτές τις συμφορές. Ήσαν έτοιμοι να συμβιβαστούν με τους Λακεδαιμόνιους, στους οποίους, μάλιστα, έστειλαν και πρεσβεία, αλλά χωρίς αποτέλεσμα. Είχαν φτάσει σε απόγνωση και στράφηκαν εναντίον του Περικλή. Εκείνος συγκάλεσε Εκκλησία - ήταν ακόμα στρατηγός - και τους μίλησε. Πείστηκαν με τα λόγια του και δεν έστειλαν άλλη πρεσβεία στους Λακεδαιμόνιους κ' έστρεψαν πρόθυμα τη δραστηριότητά τους στην πολεμική προσπάθεια, αλλά ο καθένας χωριστά εξακολουθούσαν να θλίβονται για το παθήματά τους. Δεν έπαψε, λοιπόν, η αγανάκτησή τους εναντίον του Περικλή παρά μόνο όταν του επέβαλαν χρηματικό πρόστιμο. Δεν πέρασε, ωστόσο, πολύς καιρός και τον όρισαν πάλι στρατηγό και του ανέθεσαν πάλι όλη την εξουσία.