Με την επιστροφή τους έληξε αμέσως η ανακωχή της Πύλου και, κατά την συμφωνία, οι Λακεδαιμόνιοι ζήτησαν πίσω τα καράβια τους. Αλλά οι Αθηναίοι τους κατηγόρησαν ότι είχαν κάνει αιφνιδιασμό εναντίον του οχυρού και για άλλες ανάξιες λόγου ενέργειες, παρά τους όρους της ανακωχής, Αρνήθηκαν να τους αποδώσουν τα καράβια και ισχυρίστηκαν ότι, κατά την συμφωνία, η παραμικρή παραβίαση της ανακωχής σήμαινε την ακύρωση των όρων της. Οι Λακεδαιμόνιοι δε δέχτηκαν τους ισχυρισμούς, διαμαρτυρήθηκαν για την παράνομη κατακράτηση του στόλου τους κ' ετοιμάστηκαν για πόλεμο. Άρχισαν εχθροπραξίες γύρω από την Πύλο και οι δύο αντίπαλοι πολεμούσαν μ' όλη τους τη δύναμη. Οι Αθηναίοι περιπολούσαν αδιάκοπα όλη την ημέρα με δύο καράβια που έπλεαν το ένα σε αντίθετη κατεύθυνση από το άλλο και την νύχτα όλος ο στόλος φρουρούσε το νησί, εκτός από το μέρος που βλέπει στ' ανοιχτά όταν σηκωνόταν άνεμος. Είχαν έρθει από την Αθήνα 20 καράβια για τον αποκλεισμό κ' έτσι ο στόλος αριθμούσε 70 μονάδες. Οι Πελοποννήσιοι ήσαν στρατοπεδευμένοι στη στεριά κ' έκαναν επιθέσεις εναντίον του οχυρού, παραμονεύοντας μην τύχει ευκαιρία να σώσουν τους αποκλεισμένους οπλίτες.

Ο αποκλεισμός της Πύλου ήταν δύσκολος για τους Αθηναίους επειδή τους έλειπε η τροφή και το νερό. Δεν υπήρχε παρά μόνο μια πηγή, μικρή κι αυτή, στην ακρόπολη της Πύλου. Οι περισσότεροι από τους στρατιώτες έσκαβαν λάκκους στα χαλίκια της παραλίας κ' έπιναν ό,τι νερό βρίσκαν. Το στρατόπεδό τους ήταν μικρό και ο στρατός τους στοιβαγμένος, ενώ τα καράβια δεν είχαν που ν' αράξουν. Τα πληρώματα κατέβαιναν με τη σειρά στη στεριά για να φάνε, ενώ τ' άλλα καράβια έμεναν στ' ανοιχτά. Εκείνο όμως που τους αποθάρρυνε περισσότερο ήταν ότι ο αποκλεισμός διαρκούσε πολύ περισσότερο απ' ό,τι περίμεναν, γιατί νόμιζαν ότι σε λίγες μέρες μέσα, θ' ανάγκαζαν τους εχθρούς να παραδοθούν αφού ήσαν σε νησί έρημο κ' έπιναν αρμυρό νερό. Ο λόγος ήταν ότι οι Λακεδαιμόνιοι είχαν προκηρύξει ότι θα έπαιρνε μεγάλη αμοιβή όποιος κατόρθωνε να μεταφέρει στο νησί αλεύρι, κρασί, τυρί κι' ο,τιδήποτε άλλο τρόφιμο χρήσιμο για τους αποκλεισμένους. Είχαν υποσχεθεί την ελευθερία σε κάθε είλωτα που θα μετέφερε τρόφιμα. Πολλοί το ριψοκινδύνευαν, και κυρίως οι είλωτες. Ξεκινούσαν από όποιο σημείο τύχαινε της πελοποννησιακής ακτής και, λίγο πριν ξημερώσει, πήγαιναν στο νησί, στην πλευρά που βλέπει στ' ανοιχτά. Τις περισσότερες φορές περίμεναν να σηκωθεί άνεμος για να ξεκινήσουν και τούτο επειδή τότε μπορούσαν να ξεφύγουν πιο εύκολα από την επιτήρηση των καραβιών, όταν φυσούσε άνεμος από το πέλαγος και εμπόδιζε το στόλο να φρουρεί γύρω γύρω το νησί. Πήγαιναν στο νησί αψηφώντας τη ζημιά που θα πάθαιναν τα πλεούμενά τους - προτού ξεκινήσουν συμφωνούσαν για την αποζημίωση - κ' έριχναν έξω τις βάρκες τους στις ακτές του νησιού, στα σημεία όπου μπορούσαν να ξεφορτώσουν, όπου τους περίμεναν οπλίτες για να τους προστατεύσουν. Όσοι προσπάθησαν να περάσουν με γαλήνη, πιάστηκαν αιχμάλωτοι.

Από το λιμάνι πήγαιναν στο νησί δύτες κολυμπώντας κάτω από το νερό, σέρνοντας πίσω τους, δεμένα με σκοινί, ασκιά γεμάτα σπόρο παπαρούνας ανακατεμένο με μέλι ή κοπανισμένο λιναρόσπορο. Στην αρχή οι δύτες περνούσαν απαρατήρητοι, αλλά αργότερα οι Αθηναίοι πήραν τα μέτρα τους.

Όταν πληροφορήθηκαν, στην Αθήνα, ότι το εκστρατευτικό σώμα ταλαιπωρείται και ότι πάνε τρόφιμα στο νησί, άρχισαν ν' ανησυχούν και φοβήθηκαν μην τους προλάβει ο χειμώνας ενώ ακόμα θα πολιορκούσαν τη Σφακτηρία. Έβλεπαν ότι θα ήταν αδύνατο να στείλουν ανεφοδιασμό περιπλέοντας την Πελοπόννησο. Έλειπαν τα πάντα από την Πύλο. Ακόμα και το καλοκαίρι δεν μπορούσαν να στέλνουν όσο ανεφοδιασμό χρειαζόταν. Δε θα τους ήταν δυνατό να διατηρήσουν αποτελεσματικό αποκλεισμό, αφού το μέρος ήταν αλίμενο, και, είτε θα σήκωναν την πολιορκία - και τότε θα ήταν θρίαμβος των αποκλεισμένων - είτε οι οπλίτες της Σφακτηρίας θα διέφευγαν με τα πλεούμενα που τους πήγαιναν τα τρόφιμα, παραφυλάγοντας καμιά θαλασσοταραχή. Εκείνο, όμως, που ανησυχούσε περισσότερο τους Αθηναίους ήταν το ότι οι Λακεδαιμόνιοι θα είχαν τώρα την πεποίθηση ότι θα επιτύχουν και δεν έκαναν πια καμιά πρόταση για ειρήνη και μετανοούσαν επειδή δεν είχαν δεχτεί τις προτάσεις τους. Ο Κλέων κατάλαβε ότι η δυσαρέσκεια στρεφόταν εναντίον του επειδή είχε εμποδίσει τη συνεννόηση και ισχυρίστηκε ότι αυτοί που έφερναν τις ειδήσεις από την Πύλο δεν λένε την αλήθεια. Όταν οι απεσταλμένοι αποκρίθηκαν ότι, αν δεν τους πιστεύουν, τότε πρέπει να στείλουν ειδικούς απεσταλμένους επί τόπου, οι Αθηναίοι όρισαν τον ίδιο το Κλέωνα και τον Θεαγένη. Ο Κλέων κατάλαβε ότι θα αναγκαζόταν είτε να επιβεβαιώσει τα όσα έλεγαν εκείνοι τους οποίους είχε κατηγορήσει, είτε να βγει ψεύτης, λέγοντας τα αντίθετα. Έβλεπε ότι οι Αθηναίοι ήσαν πρόθυμοι να ενισχύσουν τον αποκλεισμό, στέλνοντας κι άλλες δυνάμεις, και τους είπε ότι δεν έπρεπε, για να μη χαθεί καιρός, να στείλουν αντιπροσώπους αλλά ότι, αφού πίστευαν ότι οι πληροφορίες είναι σωστές, έπρεπε να κάνουν επίθεση με στόλο εναντίον της Σφακτηρίας. Δείχνοντας το μισητό αντίπαλό του, τον Νικία του Νικηράτου που ήταν στρατηγός, κατηγόρησε τους στρατηγούς λέγοντας ότι, αν ήσαν άνδρες, έπρεπε να πάνε με τη κατάλληλη προετοιμασία στη Σφακτηρία κ' εύκολα θα αιχμαλώτιζαν τους Σπαρτιάτες. Αυτό θα έκανε ο ίδιος, είπε, αν ήταν Στρατηγός.

Οι Αθηναίοι άρχισαν τότε να θορυβούν εναντίον του Κλέωνος και τον ρωτούσαν γιατί δεν εκστρατεύει ο ίδιος, αφού βρίσκει το εγχείρημα τόσο εύκολο, και τότε ο Νικίας του είπε ότι, όσο εξαρτάται από τους στρατηγούς, είναι πρόθυμοι να του δώσουν όσες δυνάμεις θέλει, και ν' αναλάβει την επιχείρηση. Ο Κλέων νόμισε, στην αρχή, ότι ο Νικίας δεν μιλούσε σοβαρά και είπε πως το δεχόταν, αλλά όταν κατάλαβε ότι ο αντίπαλός του ήταν έτοιμος να του παραδώσει την αρχηγία, προσπάθησε να υποχωρήσει, λέγοντας ότι δεν ήταν αυτός στρατηγός αλλά ο Νικίας. Είχε αρχίσει ν' ανησυχεί γιατί δεν είχε ποτέ φανταστεί ότι ο Νικίας θα του παραχωρούσε τη θέση του. Αλλά ο Νικίας επέμενε και, παίρνοντας τους Αθηναίους μάρτυρες, είπε πως παραιτείται απ' την στρατηγία για την επιχείρηση της Πύλου. Και τότε, όπως συνηθίζει να κάνει ο όχλος, όσο προσπαθούσε ο Κλέων να αποφύγει τη στρατηγία, ανακαλώντας τα όσα είχε πει, τόσο παρακινούσαν το Νικία να του παραδώσει το αξίωμά του και φώναζαν του Κλέωνος να φύγει στην εκστρατεία. Έτσι, μη έχοντας τρόπο να ξεφύγει από τα όσα ο ίδιος είχε πει, δέχτηκε να φύγει. Ανέβηκε στο βήμα και είπε ότι δε τον φοβίζουν οι Λακεδαιμόνιοι και ότι θα φύγει χωρίς να πάρει ούτε έναν Αθηναίο στρατιώτη, αλλά μόνο τους οπλίτες από την Ίμβρο και τη Λήμνο που ήσαν στην Αθήνα, τους πελταστές που είχαν έρθει ενίσχυση από τον Αίνο και 400 τοξότες από άλλα μέρη. Με τις δυνάμεις αυτές, είπε, και με το στρατό που βρισκόταν στην Πύλο, μέσα σε είκοσι μέρες ή θα έφερνε πίσω ζωντανούς τους Λακεδαιμόνιους ή θα τους σκότωνε επί τόπου.

Ο Κλέων, αφού πήρε από την Εκκλησία τα όσα ζητούσε και ψηφίστηκε στρατηγός της εκστρατείας, ετοιμάστηκε κ' έφυγε όσο μπορούσε πιο γρήγορα. Από τους στρατηγούς που ήταν στην Πύλο διάλεξε συστρατηγό τον Δημοσθένη. Τον προτίμησε, επειδή είχε πληροφορηθεί ότι και αυτός είχε σκοπό να κάνει αποβίβαση στο νησί. Οι στρατιώτες υπόφεραν πολύ από τις ελλείψεις, ζούσαν περισσότερο σαν πολιορκημένοι παρά σαν πολιορκητές και γι' αυτό ήσαν ανυπόμονοι να δώσουν μάχη. Ο Δημοσθένης ενισχύθηκε στην άποψή του αυτή κι από το ότι έγινε πυρκαγιά στη Σφακτηρία. Προτού συμβεί αυτό, ο Δημοσθένης φοβόταν την απόβαση, γιατί το μεγαλύτερο μέρος του νησιού ήταν πυκνοδασωμένο και δεν είχε μονοπάτια, επειδή από πάνγα ήταν ακατοίκητο. Θεωρούσε ότι αυτό ευνοούσε τον εχθρό επειδή, αν οι Αθηναίοι έκαναν απόβαση με πολυάριθμο στρατό, τότε οι Λακεδαιμόνιοι θα μπορούσαν να κάνουν εφόδους από κρυφές ενέδρες, προξενώντας μεγάλες απώλειες στο στρατό. Το δάσος θα έκρυβε τη διάταξη και τις λανθασμένες κινήσεις του εχθρού, ενώ τα δικά του λάθη θα τα έβλεπε ο εχθρός κ' έτσι θα μπορούσε να χτυπήσει όπου θα ήθελε, αιφνιδιαστικά, αφού εκείνος θα είχε την πρωτοβουλία. Αν πάλι βρισκόταν στην ανάγκη να κάνει επίθεση μέσα στο δάσος, σκεπτόταν ότι οι λίγοι που ήσαν μέσα στο δάσος, αλλά ήξεραν καλά το μέρος, θα είχαν την υπεροχή επάνω στους πολλούς που δε το ήξεραν. Ο στρατός τους, που θα ήταν πολύ περισσότερος, θα λιανιζόταν χωρίς να καταλάβει τι γινόταν, γιατί δε θα μπορούσαν να βλέπουν που χρειάζεται να τρέξουν για να βοηθήσουν.

Τις σκέψεις αυτές τις έκανε ο Δημοσθένης επειδή στην Αιτωλία η κυριότερη αιτία της συμφοράς που είχε πάθει ήταν ότι είχε πολεμήσει σε δάσος. Εξαιτίας της στενοχώριας του τόπου, οι στρατιώτες αναγκάζονταν να κατεβαίνουν στις ακρογιαλιές της Σφακτηρίας για να τρώνε το φαϊ τους βάζοντας φρουρούς για προστασία. Κάποιος, άθελά του, έβαλε φωτιά σ' ένα μικρό δάσος. Σηκώθηκε άνεμος και κάηκε το μεγαλύτερο μέρος του δάσους. Τότε ο Δημοσθένης μπόρεσε να δει ότι οι Λακεδαιμόνιοι ήσαν πολύ περισσότεροι από ό,τι νόμιζε, γιατί είχε υποψιαστεί, από τα τρόφιμα που τους έστελναν, ότι ήσαν λιγότεροι. Κατάλαβε επίσης, ότι θα ήταν ευκολότερη η απόβαση στο νησί και ότι άξιζε να βιαστούν οι Αθηναίοι να κάνουν μεγάλη προσπάθεια για τόσο σπουδαίο σκοπό. Άρχισε να προετοιμάζει την επιχείρηση, ζήτησε ενισχύσεις από τους γειτονικούς συμμάχους κ' έπαιρνε όλα τα αναγκαία μέτρα. Ο Κλέων, που του είχε στείλει αγγελιοφόρο για να τον ειδοποιήσει ότι έρχεται με τον στρατό που είχε ζητήσει, έφτασε στο μεταξύ στην Πύλο. Μόλις συναντήθηκαν οι δύο, έστειλαν, πρώτ' απ' όλα, κήρυκα στο πελοποννησιακό στρατόπεδο της στεριάς προτείνοντας για να μη γίνει αιματοχυσία, να δώσουν διαταγή οι Σπαρτιάτες στους οπλίτες της Σφακτηρίας να παραδοθούν με τα όπλα τους. Οι Αθηναίοι θα μεταχειρίζονταν καλά τους αιχμαλώτους έως ότου γίνει γενικότερη συμφωνία.

Οι Λακεδαιμόνιοι δεν δέχτηκαν την πρόταση και οι Αθηναίοι άφησαν να περάσει μια μέρα και τη νύχτα της επόμενης επιβίβασαν όλους τους οπλίτες σε λίγα καράβια και, λίγο πριν την αυγή, έκαναν απόβαση στο νησί και από τις δύο μεριές. Αποβιβάστηκαν περισσότεροι από 800 οπλίτες που προχώρησαν τρέχοντας εναντίον του πρώτου φυλακίου. Οι Λακεδαιμόνιοι είχαν την ακόλουθη διάταξη. Στο πρώτο αυτό φυλάκιο ήσαν τριάντα περίπου οπλίτες. Στο κέντρο του νησιού, κοντά στο πηγάδι, στο ομαλότερο μέρος, ήταν το κύριο σώμα με τον αρχηγό τους τον Επιτάδα. Την άκρη του νησιού που βλέπει προς την Πύλο, την κρατούσε μικρή φρουρά, επειδή από τη μεριά της θάλασσας ήταν απόκρημνο το μέρος κι από τη στεριά σχεδόν απόρθητο. Υπήρχε εκεί ένα παλιό οχυρό χτισμένο με απελέκητες πέτρες. Οι Λακεδαιμόνιοι λογάριαζαν ότι θα τους ήταν χρήσιμο αν τους ανάγκαζαν οι εχθροί να υποχωρήσουν.

Οι Αθηναίοι σκότωσαν, αμέσως όλους εκείνους που φύλαγαν το πρώτο φυλάκιο όπυ έκαναν την έφοδό τους. Τους πρόλαβαν ενώ ήταν ακόμα στα στρώματά τους και προσπαθούσαν να πάρουν τα όπλα τους. Δεν είχαν καταλάβει ότι είχε γίνει απόβαση, νομίζοντας ότι τα καράβια είχαν βγει για τη συνηθισμένη νυχτερινή περιπολία. Με την αυγή άρχισε να αποβιβάζεται και ο υπόλοιπος στρατός, δηλαδή τα πληρώματα από 70 και περισσότερα καράβια - στα οποία δεν έμειναν παρά οι κωπηλάτες της τελευταίας σειράς - με τον οπλισμό τους, 800 τοξότες και άλλοι τόσοι πελταστές, Μεσσήνιοι που είχαν έρθει να βοηθήσουν, και όσος στρατός ήταν στην Πύλο εκτός από τη φρουρά του οχυρού. Σύμφωνα με τη διαταγή του Δημοσθένη ο στρατός μοιράστηκε σε τμήματα από 200, περίπου, που πήγαν και πιάσαν τα ψηλότερα σημεία του νησιού, ώστε ο εχθρός να βρεθεί σε απελπιστική θέση. Αν έκανε επίθεση εναντίον εκείνων που ήσαν εμπρός του, θα τον χτυπούσαν εκείνοι που ήσαν πίσω του, αν στρεφόταν εναντίον εκείνων που ήσαν στη μια πλευρά του θα τον χτυπούσαν εκείνοι που ήσαν στην αντίθετη. Όπως και αν σκόπευε να κινηθεί ο εχθρός θα είχε πάντα στα νώτα του τις μονάδες με τις δεν θα μπορούσε να επιχειρήσει συμπλοκή, δηλαδή τους ψιλούς που, οπλισμένοι με τόξα, ακόντια, πέτρες και σφεντόνες, θα τον χτυπούσαν από μακρυά με πολλή αποτελεσματικότητα. Ο εχθρός δε θα μπορούσε να κάνει αγώνα σώμα με σώμα μ' αυτούς γιατί αν τους έκανε επίθεση, ήσαν ταχύτεροι στην υποχώρηση κι αν υποχωρούσε εκείνοι θα του έκαναν πάλι επίθεση.

Όταν οι στρατιώτες του Επιτάδα, που αποτελούσαν τη κύρια δύναμη, είδαν ότι η προφυλακή τους είχε εξολοθρευτεί και ότι προχωρούσε στρατός εναντίον τους, παρατάχτηκαν για μάχη και προχώρησαν εναντίον των Αθηναίων οπλιτών για να συγκρουστούν μαζί τους. Οι Αθηναίοι οπλίτες είχαν παραταχτεί εναντίον τους, ενώ οι ψιλοί ήσαν στα πλάγια και πίσω από τον εχθρό που δεν μπόρεσε ούτε καν να φτάσει ως την παράταξη των Αθηναίων, ώστε να εκμεταλλευτεί την πολεμική του τέχνη. Τον εμπόδιζαν οι ψιλοί που τον χτυπούσαν από τις δυο μεριές, ενώ οι Αθηναίοι οπλίτες, αντί να κάνουν αντεπίθεση, έμεναν ακίνητοι. Όταν οι ψιλοί ζύγωναν πολύ, οι Σπαρτιάτες τους έτρεπαν σε φυγή, αλλά εκείνοι, υποχωρώντας, εξακολουθούσαν να πολεμούν και προλάβαιναν να ξεφύγουν, τόσο επειδή ήσαν ελαφριά οπλισμένοι όσο κ' επειδή το έδαφος ήταν δύσκολο και γεμάτο κακοτοπιές. Οι Λακεδαιμόνιοι βαριά οπλισμένοι, δεν μπορούσαν να τους καταδιώξουν.

Οι ακροβολισμοί αυτοί κράτησαν αρκετά, ως τη στιγμή που οι Λακεδαιμόνιοι δε μπορούσαν πια να κάνουν επιθέσεις με την ίδια ορμή στα σημεία όπου τους χτυπούσαν. Οι ψιλοί κατάλαβαν ότι οι Λακεδαιμόνιοι άρχισαν να κουράζονται και να κινούνται πιο αργά. Τους ενθάρρυνε πολύ το ότι είχαν συντριπτική υπεροχή απέναντι στον εχθρό, κ' ένοιωσαν ότι ο αντίπαλος τους δεν ήταν τόσο φοβερός όσο νόμιζαν, αφού οι απώλειες τους δεν ήσαν τόσο σοβαρές όσο τις είχαν είχαν φοβηθεί όταν έκαναν την απόβαση και είχαν πεσμένο το ηθικό με τη σκέψη ότι θ' αναμετρηθούν με Λακεδαιμόνιους. Έτσι, μ' ένα αίσθημα περιφρόνησης, όρμησαν όλοι μαζί με φωνές εναντίον τους, ρίχνοντας πέτρες, βέλη και ακόντια και ό,τι άλλο πρόχειρο είχε ο καθένας. Η βοή αυτή, μαζί με την επίθεση, κατατρόμαξε τους Λακεδαιμόνιους που δεν ήσαν συνηθισμένοι σε τέτοιου είδους μάχη. Σύννεφο σηκώθηκε ο κουρνιαχτός από τη στάχτη του πρόσφατα καμένου δάσους και, με τα βέλη και τις πέτρες που έπεφταν πλήθος μέσα απ' αυτό το σύννεφο, ήταν αδύνατο να δει κανείς μπροστά του. Και τότε η θέση των Λακεδαιμονίων έγινε εξαιρετικά δύσκολη, γιατί οι ελαφριοί θώρακές τους από χοντροσκούτι, δεν τους προστάτευαν από τα βέλη και τ' ακόντια που τους έριχναν έσπαζαν και οι μύτες τους έμεναν καρφωμένες στις πανοπλίες τους. Δεν ήξεραν τι να κάνουν. Δεν μπορούσαν να δουν μπροστά τους και η μεγάλη βοή του εχθρού δεν τους άφηνε ν' ακούνε τις διαταγές. Κυκλωμένοι από παντού, δεν είχαν πια καμιά ελπίδα ότι με κάποιο ελιγμό θα μπορούσαν να σωθούν.

Τέλος, όταν τραυματίστηκαν πολλοί, επειδή στριφογύριζαν στο ίδιο στενό μέρος, πύκνωσαν τις τάξεις τους και άρχισαν να υποχωρούν προς την άκρη του νησιού, στο οχυρό που δεν ήταν μακριά, όπου ήσαν οι δικοί τους φρουροί. Όταν άρχισαν να υποχωρούν, τότε οι ψιλοί, με ακόμα πιο άγριες φωνές και μεγαλύτερη ορμή, τους χτυπούσαν και σκότωναν όσους απομονωμένους προλάβαιναν. Οι περισσότεροι, όμως, πρόφτασαν να καταφύγουν στο οχυρό, όπου παρατάχτηκαν μαζί με τη φρουρά για να υπερασπίσουν όλα τα σημεία απ' όπου οι εχθροί θα μπορούσαν να τους χτυπήσουν. Οι Αθηναίοι τους ακολούθησαν, αλλά δεν είχαν τρόπο να περικυκλώσουν το μέρος και προσπάθησαν να τους εκτοπίσουν από εκεί με επιθέσεις κατά μέτωπο. Πολλή ώρα, σχεδόν ολόκληρη τη μέρα, η μάχη, η δίψα και ο ήλιος καταταλαιπώρησαν τους δύο αντιπάλους που πολεμούσαν. Οι Αθηναίοι προσπαθούσαν να εκτοπίσουν τους Λακεδαιμόνιους από το ύψωμα, ενώ οι Λακεδαιμόνιοι προσπαθούσαν να κρατήσουν τη θέση τους. Ήσαν, τώρα, σε θέση να προστατεύονται καλύτερα, γιατί ο εχθρός δεν μπορούσε να τους περικυκλώσει.

Καθώς φαινόταν ότι τίποτε το αποφασιστικό δεν μπορούσε να γίνει, ο αρχηγός των Μεσσηνίων πήγε στο Κλέωνα και το Δημοσθένη και τους είπε ότι μάταια κοπιάζουν, αλλά ότι, αν ήθελαν να του δώσουν ένα τμήμα από τους τοξότες και τους ψιλούς, θα επιχειρούσε να κυκλώσει τη τοποθεσία, ακολουθώντας κάποια διάβαση που θα έβρισκε ο ίδιος. Έτσι θεωρούσε ότι θα μπορούσε να εκβιάσει τη κατάσταση. Αφού πήρε όσους ζήτησε, ξεκίνησε από μέρος από όπου δεν μπορούσαν να τον δουν οι Λακεδαιμόνιοι. Βαδίζοντας συνεχώς από γκρεμούς σ' όποιο σημείο μπορούσε να πατήσει και σε μέρη που ήσαν τόσο απότομα ώστε οι Λακεδαιμόνιοι δεν είχαν βάλει φρουρά, μόλις κατόρθωσε, με πολλή δυσκολία, να εμφανιστεί άξαφνα, χωρίς να τον αντιληφθούν, στα νώτα των Λακεδαιμονίων που τρόμαξαν με τον αιφνιδιασμό, ενώ οι Αθηναίοι που τους περίμεναν πήραν αμέσως θάρρος. Οι Λακεδαιμόνιοι άρχισαν να βάλλονται κι από τις δύο μεριές. Λίγοι πολεμώντας εναντίον πολλών, πεινασμένοι και εξαντλημένοι, άρχισαν να υποχωρούν, ενώ οι Αθηναίοι κυρίεψαν τις προσπελάσεις.

Ο Κλέων και ο Δημοσθένης κατάλαβαν ότι, αν οι Λακεδαιμόνιοι υποχωρούσαν ακόμα, ο αθηναϊκός στρατός θα τους σκότωνε. Επειδή ήθελαν να τους πάνε πίσω στην Αθήνα ζωντανούς, έδωσαν διαταγή να σταματήσει η μάχη και συγκράτησαν το στρατό ελπίζοντας ότι, αν έστελναν κήρυκα στους Σπαρτιάτες, θα έσπαζε το ηθικό τους, αφού θα έβλεπαν την απελπιστική τους θέση. Τους έστειλαν, λοιπόν, κήρυκα και τους πρότεινε να παραδοθούν με τα όπλα τους στη διάκριση των Αθηναίων.

Όταν οι Λακεδαιμόνιοι άκουσαν την πρόταση, άφησαν οι περισσότεροι τις ασπίδες τους και σήκωσαν τα χέρια τους για να δείξουν ότι δέχονται τους όρους. Έγινε ανακωχή και συναντήθηκαν ο Κλέων και ο Δημοσθένης με το Στύφωνα του Φάρακος. Από τους προκατόχους του στην αρχηγία ο Επιτάδας είχε σκοτωθεί και ο Ιππαγρέτης κοιτόταν ανάμεσα στους νεκρούς, ζωντανός ακόμα, αλλά τον νόμιζαν πεθαμένο. Ο Στύφων και οι αξιωματικοί του είπαν στον Κλέωνα και το Δημοσθένη ότι ήθελαν να στείλουν αντιπρόσωπό τους στους Λακεδαιμόνιους της στεριάς και να τους ζητήσουν οδηγίες τι να κάνουν. Οι Αθηναίοι, όμως, δεν επιτρέψαν να πάει κανείς, αλλά έστειλαν οι ίδιοι μήνυμα στους Λακεδαιμόνιους να στείλουν κήρυκες που πήγαν και ήρθαν δυο τρεις φορές. Ο τελευταίος που, από τη στεριά, πέρασε στη Σφακτηρία έφερε το μήνυμα "Οι Λακεδαιμόνιοι σας παραγγέλουν να πάρετε εσείς οι ίδιοι μια απόφαση χωρίς, όμως, να κάνετε τίποτε το ατιμωτικό". Τότε έκαναν σύσκεψη μεταξύ τους και παραδόθηκαν με τα όπλα τους. Οι Αθηναίοι φρούρησαν τους αιχμαλώτους όλη την ημέρα κι όλη τη νύχτα και, την επομένη, ετοιμάστηκαν να φύγουν και μοίρασαν τους αιχμαλώτους στους τριηράρχους για να τους έχουν στη φύλαξή τους. Ο αριθμός των σκοτωμένων και των αιχμαλώτων είναι ο εξής. Πέρασαν συνολικά στη Σφακτηρία 420 οπλίτες. Από αυτούς αιχμαλωτίστηκαν 292. Οι υπόλοιποι σκοτώθηκαν. Από τους αιχμαλώτους 120 ήσαν Σπαρτιάτες. Οι Αθηναίοι έχασαν λίγους γιατί δεν είχε γίνει μάχη σώμα με σώμα.

Ο αποκλεισμός της Σφακτηρίας από την ημέρα που έγινε η ναυμαχία έως την ημέρα της μάχης που έγινε στο νησί, είχε διαρκέσει 72 μέρες. Τις 20 μέρες που οι Λακεδαιμόνιοι πρέσβεις είχαν λείψει στην Αθήνα για να προσφέρουν ειρήνη, οι πολιορκημένοι ανεφοδιάζονταν κανονικά. Τις υπόλοιπες τρέφονταν από τα όσα έφταναν λαθραία στο νησί. Μετά την παράδοση βρέθηκε στο νησί λίγο σιτάρι και άλλα τρόφιμα. Οι Αθηναίοι και οι Πελοποννήσιοι αποσύραν το στρατό τους από την Πύλο και γύρισαν στις πολιτείες τους.

Όταν έφτασαν οι αιχμάλωτοι, οι Αθηναίοι αποφάσισαν να τους βάλουν φυλακή, έως ότου έρθουν σε κάποια συμφωνία με τους Λακεδαιμόνιους, και αν οι Πελοποννήσιοι κάνουν εισβολή, τότε να βγάλουν τους αιχμαλώτους από τη φυλακή και να ους σκοτώσουν. Έβαλαν φρουρά στην Πύλο και οι Μεσσήνιοι της Ναυπάκτου, που θεωρούσαν ότι ήταν πατρίδα τους, έστειλαν τους καλύτερους στρατιώτες τους και ρήμαξαν τη λακωνική γη, κάνοντας μεγάλες ζημιές επειδή τους ευνοούσε το ότι μιλούσαν την ίδια γλώσσα με τους κατοίκους. Οι Λακεδαιμόνιοι, οι οποίοι έως τότε δεν είχαν υποφέρει από επιδρομές και τέτοιου είδους πόλεμο κ' έβλεπαν ότι πολλοί είλωτγες αυτομολούσαν, φοβήθηκαν γενικότερη αναστάτωση της χώρας και ήσαν πολύ ανήσυχοι. Έστειλαν πρεσβείες στους Αθηναίους και προσπαθούσαν να τους πείσουν να τους αποδώσουν και τους αιχμαλώτους και την Πύλο. Αλλά οι Αθηναίοι ήθελαν να επεκτείνουν τα πλεονεκτήματά τους όσο το δυνατό περισσότερο κ' έδιωχναν άπρακτες τις αλλεπάλληλες πρεσβείες των Σπαρτιατών.