Ένα από τα προβλήματα που αντιμετώπισε ο Θ. Δηλιγιάννης στη κυβέρνηση που σχημάτισε στις 31 Μαΐου / 12 Ιουνίου 1895, ήταν το κρητικό ζήτημα.

Ήδη στην Κρήτη, με τον οργανικό νόμο του 1867/68 προβλέπονταν ορισμένες παραχωρήσεις υπέρ των Χριστιανών. Με τη σύμβαση της Χαλέπας (Οκτώβριος 1878), η οποία επικυρώθηκε με σουλτανικό φιρμάνι, καθιερώνεται ένα είδος αυτονομίας με ένα είδος Βουλής η οποία ονομάζεται Γενική Συνέλευση των Κρητών και η οποία αποτελείται από 49 Χριστιανούς και 31 Μωαμεθανούς. Η καθιέρωση, όμως, των παραπάνω αντί να οδηγήσει σε βελτίωση την κατάσταση στην Κρήτη προκάλεσε νέες ανωμαλίες. Η χριστιανική παράταξη χωρίσθηκε σε δύο (τους Συντηρητικούς και τους Φιλελεύθερους) με αντιδικίες οι οποίες μεταφέρθηκαν και εκτός της Συνέλευσης. Από την πλευρά τους οι Τούρκοι συνεχώς αθετούσαν όσα είχαν συμφωνήσει. Εξακολουθούσαν να διορίζουν Μουσουλμάνο διοικητή και υπέθαλπαν τις ελληνικές διενέξεις προκειμένου να δημιουργήσουν κλίμα αναρχίας.

Το 1889 επικρατούν στις εκλογές οι Φιλελεύθεροι και διακηρύσσουν μονομερώς την άμεσο ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Η Τουρκία για να αντιμετωπίσει την κατάσταση στέλνει ισχυρή στρατιωτική δύναμη υπό τον Σακήρ πασά. Ξαναρχίζουν οι τουρκικές βιαιότητες εις βάρος των Χριστιανών και η εξέγερση της κοινής γνώμης στην Ελλάδα η οποία ζητάει την απομάκρυνση των τουρκικών δυνάμεων από το νησί. Οι Τούρκοι στέλνουν στο νησί τον Ρατίπ πασά με νέο φιρμάνι το οποίο περιορίζει τα προνόμια του παρελθόντος και το οποίο προκαλεί την αντίδραση των χριστιανών οι οποίοι απόσχουν από τις εκλογές του 1890 για την ανάδειξη της νέας Συνέλευσης η οποία σχηματίζεται μονομερώς από Μωαμεθανούς.