Μετά την εισβολή στο Λισολάι, όπου ο Μακρής άφησε και σημείωμα, ο τουρκικός στρατός είχε βγει σε αναζήτησή τους. Συνεχώς αναγκάζεται ή να κρύβεται στα βουνά ή στις κρύπτες μέσα στα χωριά.

Στις 23 Ιουνίου / 6 Ιουλίου ο τουρκικός στρατός τον βρήκε ενώ βρισκόταν στο χωριό Βούκοβο αναγκάστηκαν να παραμείνουν στις κρύπτες συνολικά δέκα ώρες, όταν ο στρατός έφυγε και οι άντρες βγήκαν από τις κρύπτες, ο Μακρής κάλεσε όλους τους κατοίκους στην εκκλησία του χωριού. Εκεί μπόρεσε να μάθει ότι ο Παύλος Σέρπης, ο οποίος είχε πάει στο Μοναστήρι τους πρόδωσε. Αφού το έδειρε τον πήρε έξω από το χωριό και τον σκότωσε.

Λίγες μέρες αργότερα ο Μακρής χωρίζει το σώμα του σε δύο τμήματα. Το ένα υπό τον Θεόδωρο Αδάμου το στέλνει στο χωριό Μπίτουσα να σκοτώσει δύο κομιτατζήδες, το άλλο υπό τον ίδιο κατευθύνεται στο χωριόλ Σφέτα Πέτκα όπου βάζει φωτιά στο σπίτι άλλου κομιτατζή ο οποίος καίγεται μέσα μαζί με την οικογένειά του.

Την περίοδο αυτή ο Μακρής περιφέρεται στα χωριά της περιοχής. Μια μέρα, με οδηγό τον παπά-Ηλία από τη Βελουσίνα εισβάλλει στο χωριό Οπτίτσαρι συλλαμβάνει οκτώ κομιτατζήδες τους οποίους και σκοτώνει.

Στις 12/25 Ιουλίου ο Μακρής ενώ κατευθυνόταν προς Μεγάροβο πέφτει σε ενέδρα τουρκικού στρατού. Ο ίδιος τραυματίζεται στο δεξί χέρι και πέφτει λιπόθυμος. Οι άντρες του θεωρώντας τον νεκρό τον αφήνουν στο πεδίο της μάχης και υποχωρούν μόνο οι Γεώργιος Ζαχαριουδάκης, Παύλος Ρακοβίτης, Δημήτριος Ευαγγέλου έμειναν κοντά του και πυροβολούσαν εναντίον των Τούρκων. Οι υπόλοιποι στην υποχώρησή τους συνάντησαν το σώμα του καπετάν Γκούτα με την βοήθεια του οποίου γύρισαν στο πεδίο της μάχης και αφού παρέλαβαν τον τραυματισμένο Μακρή απομακρύνθηκαν. Αφού περιποιήθηκε πρόχειρα το τραύμα του κατευθύνθηκαν προς την περιοχή της Πρέσπας.

Κατά την ενέδρα τραυματίσθηκε ο ψυχογιός του Μακρή και σκοτώθηκε ο Χαρ. Παπάζογλου.

Στη Γραδέσνιτσα επισκέφθηκε τον Μακρή, γιατρός από το Μοναστήρι ο οποίος του συνέστησε λόγω της σοβαρότητος του τραύματος να πάει στο Μοναστήρι. Ο Μακρής ενημέρωσε τους άντρες του και αφού άφησε στη θέση του τον Παύλο Ρακοβίτη πήρε έξι άντρες και κατευθύνθηκε στο Βούκοβο. Εκεί συνάντησε τον Νικ. Σίνη ή Κοντογούρη του Κέντρου Μοναστηρίου ο οποίος με την άμαξα και πολιτική περιβολή τον μετέφερε στο προξενείο Μοναστηρίου στις 26 Ιουλίου. Ο Μακρής παρέμεινε στο Προξενείο μέχρι τις 28 Οκτωβρίου.

Στις 12 Ιουλίου τα ενωμένα σώματα των Ντόγρη, Φούφα συγκρούσθηκαν με τουρκικό απόσπασμα έξω από το Ράκοβο.

Στις 14 Ιουλίου, μετά από εντολή του Κέντρου Μοναστηρίου, τα ενωμένα σώματα των Ιωάννη Καραβίτη, Ευάγγελου Νικολούδη αποφάσισαν να δράσουν από κοινού εναντίον του χωριού Γκορνίτσοβο. Τα ξημερώματα της 15ης το σώμα του Καραβίτη περικύκλωσε το χωριό, ενώ ο Νικολούδης , με οδηγό το Γρηγόριο Σαπουντζή μπήκε μέσα προκειμένου να εκτελέσει όσους εξαρχικούς συναντήσει με την υπόδειξη του Σαπουντζή. Η επιχείρηση ματαιώθηκε από την άφιξη του τουρκικού στρατού ο οποίος είχε φθάσει πριν από τους Έλληνες και είχε καταλάβει επίκαιρες θέσεις. Στην συμπλοκή του ακολούθησε σκοτώθηκαν 12 άνδρες μεταξύ των οποίων και ο Νικολούδης. Στη συνέχεια όλοι οι άνδρες με επικεφαλής τον Καραβίτη κατευθύνθηκαν στο Μορίχοβο όπου συναντήθηκαν στις 18 Ιουλίου με τα σώματα των Βολάνη, Φιωτάκη Πέτρου, Περδίκα και Κώστα Γαρέφη.

Στις 31 Ιουλίου, διορίστηκε αρχηγός της περιοχής μεταξύ Καστοριάς και Κλεισούρας, αντικαθιστώντας τον Ζαχαρία Παπαδά ή Φούφα, ο ανθυπολοχαγός πεζικού Γρηγόριος Φαληρέας ή Ζάκας, ο οποίος ξεκίνησε από το Σπήλαιο Γρεβενών με 15 άνδρες και ενισχύθηκε στη συνέχεια με άλλους 15 υπό τον Διαμαντή Ντίμπρα. Ο Ζάκας απέτυχε στην αποστολή του, η οποία ήταν η οργάνωση της περιοχής Γρεβενών, εξαιτίας της απειθαρχίας που επικρατούσε στους άνδρες του.