Ο προϊστορικός οικισμός της Μαρκιανής βρίσκεται πάνω σε ένα μικρό λόφο ύψους 265 μ. από την επιφάνεια της θάλασσας, στην περιοχή Νοτινά (στη νότια πλευρά του νησιού), κοντά στο δημόσιο δρόμο που ενώνει τη Χώρα με την Κάτω Μεριά.

Τον Μάιο του 1894 το Δ.Σ. της Αρχαιολογικής Εταιρείας μετά από πρόταση του Δημητρίου Φίλιου αποφάσισε να διενεργηθούν ανασκαφές στην Θήρα και την Αμοργό και να τις αναθέσει σρον Έφορο Αρχαιοτήτων Χρήστο Τσούντα. Τη διενέργεια των ανασκαφών αυτών το Συμβούλιο θεώρησε, καθώς φαίνεται, αρκετά επείγουσα αλλά επειδή ο Τσούντας υπηρετούσε στους Δελφούς αντικαταστάθηκε προσωρινά από τον Κωνσταντίνο Κουρουνιώτη, ώστε να μπορέσει να μεταβεί στα νησιά.