Το νησί που σημάδεψε αποφασιστικά την εξέλιξη των πολιτισμών της Ύστερης Χαλκοκρατίας είναι η Θήρα, η οποία βρίσκεται επάνω σε ένα ηφαιστειακό κρατήρα. Μια κολοσσιαία ηφαιστειακή καταστροφή, που συνέβη στο τέλος της Υστεροκυκλαδικής Ι Α περιόδου, δημιούργησε έναν τεράστιο κρατήρα βυθίζοντας το κεντρικό τμήμα του νησιού στη θάλασσα και διαμορφώνοντας τα τρία σημερινά νησιά Θήρα, Θηρασία και Ασπρονήσι. Η Θήρα και ο καταποντισμός της συνδέεται από μερικούς ερευνητές με τη μυθική Ατλαντίδα που αναφέρει στην Πολιτεία ο Πλάτωνας.