Την εποχή αυτή βρίσκονται στις φυλακές Μοναστηρίου πολλοί Έλληνες αντάρτες, μεταξύ αυτών είναι:

Η πεισματώδης αντίσταση της Πύλης στις αυστρορωσικές προτάσεις οφειλόταν εν μέρει στη συνηθισμένη της εχθρότητα προς τις παρεμβάσεις, ειδικότερα, όμως, στην προσδοκία της ότι οι Δυνάμεις δε θα ήταν σε θέση να δράσουν από κοινού.

Η στάση της βουλγαρικής κυβέρνησης προκάλεσε δυσκολίες τόσο στην Εσωτερική όσο και στην Εξωτερική Οργάνωση. Ο νέος υπουργός Εξωτερικών, στρατηγός Πάπρικωφ, ο οποίος έλπιζε να πείσει τις Δυνάμεις να διορίσουν χριστιανό γενικό διοικητή στη Μακεδονία, ήταν αντίθετος με το σχηματισμό σωμάτων στο βουλγαρικό έδαφος.

Παρόλο που η Πύλη είχε αντιδράσει έντονα στην προσπάθεια των Δυνάμεων να επιβάλλουν μεταρρυθμίσεις, υπήρχαν ελάχιστοι Τούρκοι αξιωματούχοι, οι οποίοι δεν αναγνώριζαν την ανάγκη εκσυγχρονισμού του τουρκικού κράτους με την εισαγωγή διοικητικών, νομοθετικών και εκπαιδευτικών μεταρρυθμίσεων.

Στο ελληνικό προξενείο Μοναστηρίου οι Έλληνες αξιωματικοί Δημήτριος Μιμήκος λοχαγός μηχανικού, ο ανθυπολοχαγός μηχανικού Πτολεμαίος Σαρρηγιάννης και ο υπολοχαγός Ζαφείριος Παπαθανασίου κατευθύνουν τις ελληνικές ενέργειες και τις κινήσεις των ελληνικών ανταρτικών σωμάτων. Στη Καστοριά υπεύθυνος είναι ο Δημήτριος Δουμπιώτης.

Ο Μακρής από το Νοέμβριο 1906 έως το Μάρτιο 1908 παρέμεινε στην Αθήνα και νοσηλευόμενος το τραύμα του. Την 1 Απριλίου το Μακεδονικό Κομιτάτο τον κάλεσε και του ανέθεσε την προστασία των κατοίκων της περιφέρειας Κορεστίων καθώς και την αναδιοργάνωση της περιοχής Περιστερίου.