Μετά το 1898 τα μακεδονικά κομιτάτα στη Βουλγαρία επωφελήθηκαν από την ελληνική ήττα κι άρχισαν να στέλνουν όλο και περισσότερα σώματα στη Μακεδονία. Τα περισσότερα από αυτά ανήκαν στην ΕΜΕΟ. Κάθε σώμα (τσέτα) είχε δέκα περίπου άνδρες (τσέτνικ). Ο οπλισμός του περιλάμβανε συνήθως ένα καλό τουφέκι αυστριακής καταγωγής, 180 σφαίρες, ένα περίστροφο και μια μικρή βόμβα. Ο αρχηγός τους ήταν γνωστός ως βοεβόδας.

Ο Κώτας γεννήθηκε στη Ρούλια γύρω στα 1860 και ασχολήθηκε με πολλά επαγγέλματα όπως αυτά του παντοπώλη, του υποδηματοποιού και του κηροπλάστη. Στον Κώτα αποδίδεται η ίδρυση του ξενώνα στη Ρούλια όπου οι έμποροι και οι άποροι τρέφονται και στεγάζονται δωρεάν και ενός παρόμοιου ιδρύματος στο μοναστήρι της Αγ. Τριάδος στο Πισοδέρι.

Ο Βαγγέλης γεννήθηκε στο Στρέμπενο γύρω στα 1876. Νέος πήγε στην Κωνσταντινούπολη για δουλειά, εξαιτίας όμως της δράσης του συνελήφθη και εστάλη στο χωριό του. Αρχικά μυήθηκε στη βουλγαρική οργάνωση από το βοεβόδα Μαρκώφ ο οποίος είχε μυήσει δια της βίας όλους τους κατοίκους του χωριού.

Το 1900 πεθαίνει ο Μητροπολίτης Καστοριάς. Προτείνεται και γίνεται αποδεκτή η υποψηφιότητα του Γερμανού Καραβαγγέλη για την πλήρωση της θέσης. Όπως ο ίδιος περιγράφει στα απομνημονεύματά του βρίσκει τον τόπο σε άθλια κατάσταση.

Στα τέλη Αυγούστου 1902 έφτασε στη Ζαγορίτσανη ο συνταγματάρχης Γιαγκώφ, κύριος πράκτορας του Τσόντσεφ, και εκπροσωπούσε την εξωτερική οργάνωση. Πρόθεσή του ήταν να συναντήσει τους τοπικούς αρχηγούς των περιοχών της Φλώρινας και Καστοριάς. Η Εσωτερική Οργάνωση είχε δώσει εντολή να τον αφοπλίσουν αλλά οι ντόπιοι αρχηγοί αποφάσισαν να συναντηθούν μαζί του στο Βουλγαρομπλάτσι, τη συνάντηση όμως διέκοψε η εμφάνιση τουρκικών δυνάμεων.

Ο Τσόντσεφ επικεφαλής 300 ανδρών πέρασε τα βουλγαροτουρκικά σύνορα κι επιχείρησε να ξεσηκώσει τις περιφέρειες της Τζουμαγιάς και του Ράζλογκ. Στις δυνάμεις του προσχώρησαν 200 περίπου ντόπιοι αντάρτες.

Στις 21 Φεβρουαρίου 1903 η Αυστρία και Ρωσία παρουσιάζουν στην Πύλη το "Σχέδιο Μεταρρυθμίσεων της Βιέννης". Αυτό ήταν αποτέλεσμα της συνάντησης των Lamsdorff και Goluchowski στην αυστριακή πρωτεύουσα και προέβλεπε την τοποθέτηση για τρία χρόνια Γενικού Επιθεωρητή των βιλαετίων της Μακεδονίας. Αυτός δεν θα μπορούσε να ανακληθεί χωρίς τη συγκατάθεση της Αυστρίας και Ρωσίας και θα είχε την εξουσία να χρησιμοποιήσει τουρκικά στρατεύματα για τη διατήρηση της τάξης στη Μακεδονία χωρίς να είναι υποχρεωμένος να έχει σε κάθε περίπτωση την άδεια της κυβέρνησης.

Στις 4/17 Απριλίου 1903 έγινε συνέδριο των βούλγαρων αρχηγών του βιλαετίου Μοναστηρίου (2ης επαναστατικής περιφέρειας), στο Σμίλεβο της Πρέσπας, για να σχεδιάσουν την προγραμματισμένη εξέγερση.

Την περίοδο αυτή οι τουρκικές δυνάμεις πέρασαν σε επίθεση εναντίον των βουλγαρικών συμμοριών οι οποίες είχαν σημαντικές απώλειες.

Στις 16/29 Απριλίου 1903 η Θεσσαλονίκη γίνεται επίκεντρο βομβιστικών επιθέσεων. Ανατινάζεται το υποκατάστημα της Οθωμανικής Τράπεζας, τα Οθωμανικά Ταχυδρομεία και η Γερμανική Λέσχη ενώ παρόμοιες ενέργειες γίνονται στο Ελληνικό Προξενείο, τον ελληνικό μητροπολιτικό ναό στον σταθμό και σε ελληνικό καφενείο. Την ίδια ημέρα ανατινάζεται τι γαλλικό πλοίο "Γκουαλδακιβίρ" μέσα στο λιμάνι της πόλης, Δύο μέρες αργότερα καταστρέφονται οι εγκαταστάσεις φωταερίου.

Στις 26 Απριλίου / 9 Μαΐου 1903, τουρκικός στρατός (μετά από πληροφορίες του Καραβαγγέλη), περικυκλώνει το Σμάρδεσι όπου βρίσκεται η συμμορία του Αντόνωφ.

Το Μάιο του 1903 αποφασίζεται να αποσταλούν άνδρες στη Μακεδονία για να δουν την κατάσταση εκεί και να πληροφορήσουν στην επιστροφή τους τον Π. Μελά. Την αποστολή αποτελούν οι:

Μετά την επιστροφή του Πέρρου από την Μακεδονία οι Μελάς και Κωνσταντίνος Μαζαράκης αποφάσισαν να επανδρώσουν ένα σώμα και να το στείλουν στον μητροπολίτη Καραβαγγέλη. Το σώμα αυτό θα ετίθετο υπό τις διαταγές του καπετάν Βαγγέλη

Τα πλήγματα που είχε καταφέρει ο τουρκικός στρατός στις βουλγαρικές συμμορίες τους μήνες από Απρίλιο μέχρι Ιούνιο του 1903, όπως και η σκέψη ότι όλες οι προετοιμασίες μπορεί να πήγαιναν χαμένες, ανάγκασαν την ΕΜΕΟ να καθορίσει την ημερομηνία έναρξης της εξέγερσης στις 20 Ιουλίου / 2 Αυγούστου.

Το Κρούσοβο που βρίσκεται βόρεια του Μοναστηρίου είχε την εποχή εκείνη 12.000 περίπου κατοίκους ως επί το πλείστον βλαχόφωνους ακραιφνείς Έλληνες και ήταν έδρα της Μητρόπολης "Πρεσπών και Αχριδών". Η οικονομική ευμάρεια των κατοίκων, η οποία προερχόταν από επιχειρήσεις που είχαν στις μεγάλες πόλεις της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και της Ευρώπης, είχε μεταμορφώσει το Κρούσοβο σε μία όμορφη πόλη με μεγάλα και πολυώροφα σπίτια και δημόσια κτίρια.

Στις 21 Ιουλίου, οι δέκα Κρητικοί ήρθαν αντιμέτωποι, έξω από το Κουμανίτσοβο, με διάφορες ομάδες κομιτατζήδων από τις οποίες σκότωσαν ένα απροσδιόριστο αριθμό ανδρών.

Στις 20 Ιουλίου σύμφωνα με το σχέδιο, οι βουλγαρικές συμμαχίες επιτέθηκαν σε τουρκικά φυλάκια και υπήρξαν μικροσυμπλοκές με τους Τούρκους στρατιώτες. Την επομένη ο στρατός κινήθηκε προς τις περιοχές που είχαν εμφανισθεί οι συμμορίες. Η εξέγερση έσβησε σύντομα στην περιοχή αυτή χωρίς να σημειωθεί κάποιο σπουδαίο γεγονός.

Στην περιοχή αυτή βουλγαρικές συμμορίες κατέστρεψαν ιδιοκτησίες σλαβόφωνων Ελλήνων και προσπάθησαν να ξεσηκώσουν τον ντόπιο πληθυσμό να καταφύγει στα βουνά. Ο τουρκικός στρατός σε μικρό χρονικό διάστημα διέλυσε τις συμμορίες.

Και σ' αυτή την περιοχή σημειώθηκαν μικροσυμπλοκές χωρίς ενδιαφέρον. Σύντομα η εξέγερση διαλύθηκε.

Στις αρχές Ιουλίου επισκέπτεται τον Κώτα αντιπροσωπεία του βουλγαρικού κομιτάτου και του ανακοινώνει την ημερομηνία της εξέγερσης και τις σχετικές οδηγίες. Πριν την εξέγερση ο Κώτας συγκεντρώνει τους άνδρες του στη Μπεσφήνα και κατευθύνεται προς τη Ρούλια για να διαλύσει ένα τουρκικό λόχο και να διευκολύνει την επικοινωνία του με το σώμα του Τσακαλάρωφ.

Στις αρχές Αυγούστου οι συμμορίες του Γιώργη Παπαχριστώφ και του Μήτρου Παντούρωφ προσπάθησαν να εξουδετερώσουν τη φρουρά στη Βίγλα Πισοδερίου προκειμένου να εισβάλλουν στο Πισοδέρι αλλά δεν τα κατάφεραν.

Το Ράκοβο λεηλατήθηκε από τις τουρκικές δυνάμεις οι οποίες στην προσπάθεια της καταστολής της εξέγερσης κατέστρεψαν 100 από τα 120 σπίτια του χωριού.

Λίγες μέρες μετά την εξέγερση ο Καραβαγγέλης ειδοποιεί την ομάδα των Κρητικών, που είχαν απομείνει εννέα να πάνε στη Μητρόπολη στην Καστοριά.

Τα γεγονότα του καλοκαιριού του 1903 απόδειξαν την αποτυχία του αυστρορωσικού σχεδίου μεταρρυθμίσεων. Η Μακεδονία εξακολουθούσε να είναι το επίκεντρο ανωμαλιών.

Στις 12 Φεβρουαρίου 1903 το βουλγαρικό υπουργικό συμβούλιο αποφάσισε να κλείσει τα γραφεία των δύο μακεδονικών κομιτάτων στη Σόφια καθώς και των περιφερειακών οργανώσεών τους. Ήδη είχαν συλληφθεί οι Μιχαϊλόφσκι και Τσόντσεφ, ενώ την ίδια τύχη είχαν οι Πέτρωφ και Στανίτσεφ του αντίπαλου κομιτάτου του Σαράφωφ ο οποίος είχε εγκαταλείψει τη χώρα. Στις 18 Φεβρουαρίου συνελήφθη ο Γιαγκώφ. Λίγο αργότερα ενισχύθηκαν οι φρουρές στα σύνορα με την αποστολή και έφιππης χωροφυλακής.

Στα τέλη του 1903 ιδρύεται στην Αθήνα το Μακεδονικό κομιτάτο με πρόεδρο τον εκδότη της εφημερίδας “Εμπρός” Δημήτριο Καλαποθάκη. Ο οργανισμός του κομιτάτου ήταν ο παρακάτω: