Η τοπική Εκκλησία που συσπειρώνεται γύρω από τον επίσκοπο της είναι το θεμελιώδες κύτταρο της χριστιανικής Εκκλησίας. Η δομή της έχει κληρονομηθεί από τους περασμένους αιώνες, αλλά μετασχηματίζεται. Το καθεστώς των κληρικών και της περιουσίας των Εκκλησιών το ορίζει πλέον ο νόμος. Οι επίσκοποι έχουν όλο και μεγαλύτερο ρόλο μέσα στις πόλεις των οποίων ο πληθυσμός είναι κατά το πλείστον χριστιανικός, και οι αυτοκρατορικές αρχές συνηθίζουν πλέον να απευθύνονται σε αυτούς για διοικητικά ζητήματα.

Οι τοπικές Εκκλησίες δεν είναι ξεκομμένες, αλλά αποτελούν τμήμα της οικουμενικής Εκκλησίας, στην πράξη της Εκκλησίας της Αυτοκρατορίας, στην οποία ενσωματώνονται μέσω ενδιάμεσων βαθμίδων: Εκκλησίες της ίδιας επαρχίας, και αργότερα σύνολα που συμπεριλαμβάνουν πολλές επαρχίες, και είναι ακριβώς στο επίπεδο αυτό που εμφανίζονται τότε οι πιο σημαντικές καινοτομίες.

Στη Νεαρά 123, ο Ιουστινιανός διακρίνει "τους μακαριωτάτους αρχιεπισκόπους και πατριάρχας" και αναφέρει, κατά την τάξη, τη Ρώμη, την Κωνσταντινούπολη, την Αλεξάνδρεια, την Αντιόχεια, τα Ιεροσόλυμα. Οι πέντε έδρες δεν επηρεάζουν εξίσου τη ζωή της αυτοκρατορικής Εκκλησίας. Η Κωνσταντινούπολη, που το πατριαρχείο της βρίσκεται σε πλήρη άνθηση, και η Ρώμη, που ενσωματώνεται ξανά στην αυτοκρατορία από τον Ιουστινιανό, πρέπει να εξεταστούν πρώτες.

Από τον 6ο αιώνα και μετά, οι πατριάρχες της Ανατολής, μολονότι δεν μπορούν να ανταγωνιστούν τη δύναμη της Κωνσταντινούπολης, παραμένουν ωστόσο σημαντικοί παράγοντες για τη ζωή της Εκκλησίας. Η Αλεξάνδρεια και η Αντιόχεια, που έχουν και μεταξύ τους διαφορές, αποδυναμώνονται αμφότερες από τις διαιρέσεις που επιφέρουν οι χριστολογικές έριδες. Όσο για το νεότευκτο πατριαρχείο Ιεροσολύμων, που εμφανίζεται πιο ενωμένο, οφείλει την αίγλη του στο γεγονός ότι εδρεύει στους Αγίους Τόπους.

Πέρα από την ποικιλομορφία, την ενότητα της Εκκλησίας την εξασφαλίζουν δύο θεσμοί: ο αυτοκράτορας, με τρόπο μόνιμο, και, ευκαιριακά, οι μεγάλες αυτοκρατορικές σύνοδοι που αποκαλούνται οικουμενικές. Η διαμόρφωση του Κανονικού Δικαίου αποτελεί καθρέφτη του τρόπου με τον οποίο οι αποφάσεις των συνόδων και η αυτοκρατορική νομοθεσία ρυθμίζουν από κοινού την ζωή της Εκκλησίας.