Κατά τη διάρκεια του 1906 η εξαρχική προσπάθεια μειώθηκε σημαντικά. Οι χειμερινοί μήνες κύλησαν σχετικά ήρεμα. Οι περισσότεροι αρχηγοί των κομιτατζήδων είτε βρίσκονταν στη Βουλγαρία είτε παρέμειναν αδρανείς, και η όποια δραστηριότητα οφειλόταν κυρίως στους σκληροτράχηλους αρχηγούς, τον Μήτρο Βλάχο στη Δυτική Μακεδονία και τους Λούκα, Καρατάσο, Αποστόλ στην περιοχή Έδεσσας - Γιαννιτσών.

Όπως είχε συμβεί και τα προηγούμενα χρόνια η όλο και πιο έντονη ελληνική επιθετική δραστηριότητα στη Μακεδονία έφερε την κυβέρνηση της Αθήνας αντιμέτωπη με καταιγισμό διαμαρτυριών από τις Μεγάλες Δυνάμεις.

Σε αντίθεση με τις συνεχείς διαμαρτυρίες των Ευρωπαίων πρεσβευτών στην Αθήνα, οι παραστάσεις των Δυνάμεων στη Σόφια ήταν λίγες και αραιές ακόμη και όταν οι Τούρκοι διαμαρτύρονταν για τις βουλγαρικές μηχανορραφίες, οι Δυνάμεις σταθερά υποστήριζαν ότι η βουλγαρική κυβέρνηση έκανε ό,τι περνούσε από το χέρι της για να αποτρέψει ταραχές στη Μακεδονία. Πραγματικά λίγα σώματα σχηματίζονταν σε βουλγαρικό έδαφος και κατόρθωναν να διασχίσουν τα σύνορα, η βουλγαρική κίνηση στη Μακεδονία είχε μειωθεί κατά πολύ και συνεχιζόταν κυρίως από τοπικά σώματα.

Η λίμνη των Γιαννιτσών, τα νερά της οποίας αναπληρώνονταν κάθε χρόνο από τους ποταμούς Μογλενίτσα, Πάικο και Λουδία, αποτελούνταν κυρίως από έναν εκτεταμένο βάλτο που κάλυπτε σχεδόν 300 τετρ. χιλιόμετρα. Είχε ακανόνιστο τριγωνικό σχήμα και η νότια όχθη της, με μήκος 30 περίπου χιλιόμετρα από τη βάση, έφτανε σε απόσταση οκτώ μιλίων από την πόλη των Γιαννιτσών, στα νότια ακριβώς του δρόμου προς της Έδεσσα.

Στις 1/14 Ιανουαρίου ο Βλαχάκης πληροφορείται ότι στο χωριό Έζερετς βρίσκεται ο Μήτρος Βλάχος. Μαζί με το σώμα του Κόκκινου εισβάλλουν στο χωριό. Ρίχνουν βόμβες στα σπίτια όπου σύμφωνα με τις πληροφορίες βρίσκονται κομιτατζήδες και καταφέρνουν να σκοτώσουν ορισμένους.

Το Κέντρο Θεσσαλονίκης έστειλε στην περιοχή του βάλτου των Γιαννιτσών, στα τέλη Μαρτίου, τον καπετάν Παναγιώτη (λοχίας Παπατζανετέας), με οκτώ άντρες και ο οποίος τέθηκε υπό τις διαταγές του Ματαπά. Με την άφιξή του οι ελληνικές δυνάμεις στη λίμνη έφτασαν του 55 άντρες.

Στις 4/17 Μαΐου, το σώμα του Α. Βλαχάκη ή Λίτσα αποφασίζει, μετά από διαταγή του Κέντρου Μοναστηρίου, να επιτεθεί εναντίον του χωριού Οσνίτσανη στο οποίο κρύβονται τα σώματα των Μήτρου Βλάχου, Κυριάζου.

Στις αρχές Μαΐου, ο Καούδης πήρε εντολή από το Κέντρο Μοναστηρίου να σκοτώσει τον παπά-Στέργιο Τσιλιφίκα στο Λέχοβο και τον Σλιάχα στο Βογατσικό.

Τα τρία νέα σώματα των Π. Γύπαρη, Γ. Βολάνη, Γ. Κανελλόπουλου ενώ βρίσκονταν στο Βογατσικό πήραν διαταγή να προχωρήσουν με ταχύτητα στις περιοχές που τους είχαν ορισθεί.

Στα τέλη Μαΐου ο Μακρής συνέλαβε πέντε κομιτατζήδες στα καλύβια του Μπουφ κοντά στο Ράκοβο και τους σκότωσε. Μετά κατευθύνθηκε προς την περιοχή της Νιζοπόλεως και Μεγαρόβου.

Τον Ιούνιο επέστρεψε στη Μακεδονία ο Βάρδας επικεφαλής 64 ανδρών:

Τον Ιούνιο ο Καραβίτης επικεφαλής νέου σώματος ξεκίνησε για τη Μακεδονία. Η αναχώρηση έγινε τμηματικά γιατί οι συνεχείς παραστάσεις των Μ. Δυνάμεων και της Τουρκίας προς την ελληνική κυβέρνηση την έχουν αναγκάσει προσωρινά να σταματήσει την αποστολή νέων σωμάτων στη Μακεδονία. Το σώμα αποτελείται από τους:

Τον Ιούλιο το σώμα του Ε. Νικολούδη ξεκινάει για τη Μακεδονία, το σώμα αποτελείται από τους:

Μετά την εισβολή στο Λισολάι, όπου ο Μακρής άφησε και σημείωμα, ο τουρκικός στρατός είχε βγει σε αναζήτησή τους. Συνεχώς αναγκάζεται ή να κρύβεται στα βουνά ή στις κρύπτες μέσα στα χωριά.

Τον Αύγουστο ένας κάποιος Λάμπρος, ο οποίος υπηρετούσε στην ελληνική πλευρά, έρχεται σε σύγκρουση με την Οργάνωση Μοναστηρίου για χρηματικά θέματα και προσχωρεί στην εξαρχική μερίδα. Μέχρι το Δεκέμβριο, όταν συνελήφθη από Έλληνες, βοήθησε τις τουρκικές αρχές εναντίον των Ελλήνων. Η δράση του υπήρξε πολύ σοβαρή δεδομένου ότι ήξερε πολλά για την πατριαρχική πλευρά.

Το καλοκαίρι ο Σαράντος (ή Τέλλος) Αγαπηνός ή Άγρας σχημάτισε, σύμφωνα με τις διαταγές του Κ. Μαζαράκη, μια ένοπλη ομάδα δώδεκα ευζώνων, στους οποίους του επιτράπηκε να συμπεριλάβει τον Τηλιγάδη, παλιό υπαρχηγό του Ρόκα και δύο ντόπιους οδηγούς τον Κάρτα και τον Χότζα από το χωριό Βλάδοβο.