Ο πρωτομινωικός οικισμός της Βασιλικής βρίσκεται στον ισθμό της Ιεράπετρας, στην ανατολική Κρήτη. Η λεγόμενη οικία στην κορυφή του λόφου είναι ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα της πρωτομινωικής οικιστικής αρχιτεκτονικής. Στο σχεδιασμό του μεγάλου και πολύπλοκου αυτού κτηρίου, που μπορεί να θεωρηθεί και το διοικητικό κέντρο του οικισμού της Βασιλικής, διακρίνονται στοιχεία της αρχικής σύλληψης των μινωικών ανακτόρων.

Ο πρωτομινωικός οικισμός της Μύρτου βρίσκεται στη θέση Φούρνου Κορυφή, κοντά στη νότια ακτή της Ιεράπετρας. Ο οικισμός κτίστηκε κατά την Πρωτομινωική ΙΙ περίοδο και καταστράφηκε στο τέλος της ίδιας περιόδου από φωτιά.

Ο οικισμός των Γουρνιών αποτελεί ένα από τα αντιπροσωπευτικότερα και καλύτερα διατηρημένα παραδείγματα μιας μινωικής πόλης. Τα Γουρνιά βρίσκονται στον κόλπο του Μιραμπέλου, στο βορειότερο τμήμα του κόλπου της Ιεράπετρας. Ο οικισμός είναι κτισμένος σε ένα λόφο και αποτελείται από συγκροτήματα κτηρίων, που είναι διαρθρωμένα ανάμεσα σε δρόμους.