Κατά τη Μέση Παλαιολιθική (100.000-35.000 πριν από σήμερα) επικράτησε στην Αφρική, στην Ευρώπη και στην Εγγύς Ανατολή η εξελιγμένη μορφή του Homo sapiens praesapiens, ο Homo sapiens neanderthalensis. Ο κλασσικός τύπος του Νεάντερταλ έζησε ανάμεσα στο 80.000 - 30.000 πριν από σήμερα και φαίνεται ότι συνυπήρξε στην Αφρική με την πρώιμη μορφή του Homo sapiens (μέχρι 130.000 πριν από σήμερα) και στην Ασία με το Homo erectus (μέχρι 50.000 πριν από σήμερα).

Στο δρόμο Τρικάλων-Καλαμπάκας 3 χιλιόμετρα πριν από τα Μετέωρα ορθώνεται πάνω από το χωριό Θεόπετρα ένας βραχώδης ασβεστολιθικός όγκος, στη βορειοανατολική πλευρά του οποίου βρίσκεται το ομώνυμο σπήλαιο. Πρόκειται για τη δυτικότερη προϊστορική θέση της θεσσαλικής πεδιάδας, που βρίσκεται στους πρόποδες της οροσειράς Χάσια, η οποία αποτελεί και το φυσικό όριο μεταξύ Θεσσαλίας και Ηπείρου.

Το σπήλαιο στις πηγές του Αγγίτη, ονομαζόμενο από τους ντόπιους σπήλαιο Μααρά, βρίσκεται στην ανατολική Μακεδονία στο βόρειο τμήμα του λεκανοπεδίου της Δράμας κοντά στο χωριό Αγγίτης (Κοινότητα Κοκκινογείων). Σχηματίζεται στη βάση του όρους Φαλακρό και αποτελεί τον υπόγειο σύνδεσμο των πεδιάδων Κάτω Νευροκοπίου και Δράμας. Η ονομασία του σπηλαίου οφείλεται στο γεγονός ότι ο παραπόταμος του Στρυμόνα, Αγγίτης διακόπτει, στη φυσική είσοδο του σπηλαίου, την υπόγεια ροή του και ρέει, ορατός πλέον, προς νότο.

"Η μεγάλη σπηλιά στα Καλαμάκια" αποτελεί το μεγαλύτερο και μέχρι σήμερα καλύτερα μελετημένο σπήλαιο, από εκείνα που ερευνήθηκαν στη θέση "στα Καλαμάκια", στην απόκρημνη δυτική ακτή της Μάνης. Τα σπήλαια αυτά δημιουργήθηκαν κατά τη διάρκεια του Πλειόκαινου ή τις αρχές του Πλειστόκαινου και ήταν χερσαία ή υποθαλάσσια κατά τις παγετώδεις και μεταπαγετώδεις περιόδους του Πλειστόκαινου αντίστοιχα. Κατοικήθηκαν επομένως στις φάσεις εκείνες της Παλαιολιθικής εποχής που η θαλάσσια στάθμη επέτρεπε στον άνθρωπο την πρόσβαση σε αυτά και τη χρήση τους ως καταφύγια. Η ιστορία όμως της κατοίκησης των σπηλαίων αυτών δεν μπορεί να μελετηθεί και να αποκατασταθεί πλήρως, μια και η θάλασσα, κατά την ανοδική της πορεία, συμπαρέσυρε κάθε ίχνος προηγούμενης ανθρωπογενούς επέμβασης στο σπηλαιοπεριβάλλον.

Στην παράκτια θέση Λακωνίς, που βρίσκεται στη νότια Πελοπόννησο, 3 χιλιόμετρα βορειοανατολικά του Γυθείου, εντοπίστηκαν ίχνη κατοίκησης, που χρονολογούνται στη Μέση Παλαιολιθική περίοδο (100.000-40.000 πριν από σήμερα).

Συγκεκριμένα, στην ανατολική απόληξη της κοιλάδας Σελίνιτσα, σε μικρή απόσταση από τη σημερινή ακτογραμμή, ερευνήθηκε σε μήκος περίπου 200 μέτρων σύμπλεγμα πέντε σπηλαίων.