Gistor

1482 - Ιωακείμ

1501 - Μητροφάνης

1507 - 1525 - Φιλόθεος

Φαίνεται ότι η ηγουμενεία του Φιλόθεου δεν υπήρξε συνεχής, γιατί το 1519 ηγούμενος είναι ο Διονύσιος Χαροκόπος. Από τον Ιούνιο του 1523 επανέρχεται ο Φιλόθεος.

1519 - Διονύσιος 

1533 - Νεόφυτος

1554 - 1569 - Ιωακείμ

1572 - 1578 - Δαμιανός

1589 - Γαβριήλ

1610 - Ιωακείμ

1621 -1652 - Λεόντιος

Κατά την ηγουμενεία του Λεόντιου γίνεται πρώτη φορά μνεία για την πατριαρχική εξαρχία Αμοργού και Αστυπάλαιας. Μέχρι πότε τα δύο αυτά νησιά έμειναν εξαρχικά ενωμένα είναι άγνωστο. Κατά την περίοδο της ηγουμενείας του περιήλθε την Ιταλία, Ισπανία και Γαλλία προκειμένου να συλλέξει χρήματα για την μονή.

1622 - 1625 - Θεοδόσιος 

Περίπου τον Φεβρουάριο του 1624 ο Θεοδόσιος μένει στο Κάστρο, φαίνεται ότι υπήρξε διένεξη στη μονή και ο Θεοδόσιος παίροντας την άδεια του παπά κυρ Ανατολίου και της θείς και ιεράς σύναξης απομακρύνθηκε από τη μονή σαν αναχωρήτής στον Αγ. Γεώργιο τον Βαλσαμίτη. Λίγο αργότερα επιστρέφει στο μοναστήρι όπου συντάσσει τη διαθήκη του. Φαίνεται δε ότι ο Θεοδόσιος παρά την απόφασή του να πάει αναχωρητής αναδείχθηκε, για ένα μικρό χρονικό διάστημα, πάλι ηγούμενος της Μονής.

1632 - Μακάριος

Στις 19 Αυγούστου 1632, αφιέρωσε το μετόχι του Χρυσοστόμου στη Χοζοβιώτισσα. 

1640 - 1650 - Γεννάδιος

Τον Δεκέμβριο του 1652, ο Γεννάδιος πηγαίνει αναχωρητής στο χωράφι του Χωρίου (;), αλλά αργότερα πηγαίνει στην πατρίδα του τη Σαντορίνη και επιστρέφει ξανά στην Αμοργό όπου πεθαίνει γύρω στο 1663.

1653 - 1656 - Δανιήλ Φερεντίνος

1658 - Ιάκωβος

Το 1663 ο Ιάκωβος πηγαίνει αναχωρητής στο Έξω Χωριό της Αμοργού. 

1658 - 1663, 1667 Γεδεών

1662 - 1663 Νεόφυτος Χορτάτζης 

 1888 - Γεννάδιος

Ο G. Deschamps στο έργο του "Η Ελλάδα σήμερα, Οδοιπορικό 1890", αναφέρει ότι ηγούμενος του μοναστηριού το 1888 ήταν ο Γεννάδιος. Τον περιγράφει δε ως εξής: "Ο άγιος ηγούμενος, όπως λένε στην Ελλάδα, φρόνιμο και πονηρό πρόσωπο βυζαντινού μοναχού. Πολύ μεγαλόπρεπος μέσα στη γούνα του και την μπλε ζώνη του, ο σεβάσμιος Γεννάδιος απλώνει επίσημα το κομψό, αδύνατο χέρι του στους ασπασμούς των πιστών. Μου λένε ότι σε τίποτα δεν μοιάζει με τον προκάτοχό του, έναν ευτράπελο του οποίου οι σχέσεις με τη δασκάλα, μια όμορφη Σαντορινιά, θορύβησαν πολύ το νησί. Αυτός εδώ έχει άλλες ιδέες στο κεφάλι του. Λένε ότι είναι φιλόδοξος και πως τον δελεάζουν οι επισκοπικές τιμές. Και ευχαριστήθηκε όταν του είπα, στο τραπέζι, σηκώνοντας το ποτήρι μου :άγιε ηγούμενε! εις ανώτερα".